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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000086

染色体: Chr07 坐标: 446555-452186 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000086
名称SmilChr07G000086
描述uncharacterized SmilChr07G000086
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向446555 - 452186 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991282
GeneID130991282
locus_tag-
NCBI NameLOC130991282
原始查询SmilChr07G000086

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述At domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834276]; symbol=AT5G42670; hit=AT5G42670; species=arabidopsis; confidence=weak
产物At domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834276]; symbol=AT5G42670; hit=AT5G42670; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT5G42670 (AT5G42670)
At domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834276]
identity=45.3; qcov=0.169; evalue=6.6e-14; confidence=weak
RiceOs05g0140600
-
identity=50; qcov=0.122; evalue=5.64e-09; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF05641 (Agenet)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991282

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771370.1
2 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057771374.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771370.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771370.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771370.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:446934 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr7:447048 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B13,B23,C48
Chr7:447070 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr7:447109 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B65,B73,B99
Chr7:447110 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B32,B65
Chr7:447413 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr7:447507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr7:447574 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C29
Chr7:447574 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 C29
Chr7:447666 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,C59
Chr7:449089 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B25
Chr7:449101 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 4 B138,B3,C34,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771372.1
573 aa
N
1
286
573
Agenet
C
PF05641 Agenet 12-78 aa
XP_057771374.1
543 aa
N
1
272
543
Agenet
C
PF05641 Agenet 12-78 aa
XP_057771375.1
473 aa
N
1
236
473
Agenet
C
PF05641 Agenet 12-33 aa
XP_057771376.1
443 aa
N
1
222
443
Agenet
C
PF05641 Agenet 12-33 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771372.1 Pfam PF05641 Agenet Domain 12 78 3.2e-13 50.6 Agenet domain
XP_057771374.1 Pfam PF05641 Agenet Domain 12 78 4e-13 50.3 Agenet domain
XP_057771375.1 Pfam PF05641 Agenet Domain 12 33 8.4e-07 30.1 Agenet domain
XP_057771376.1 Pfam PF05641 Agenet Domain 12 33 9.4e-07 29.9 Agenet domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915391.1
AGAAAAAAAAATCAAAAGAAATAAAGAAAAGAAAACTAAAAAAAATAAATCAAAAGCTCTTTCACAATCACCATGTTACAACCTTCTAGAACTTTCTTCAAGATCATTTCAAAAGCTCTTTCAAAAAAAACATAAAAAATAAAAATAGTACTAGTAATATACCCAAATCGATTTCCGAAGCGGATTCTTGGGTTAATACTCGATGGAGCACGAGATGAATCTACCTTTTGAGGTTGGGCAGCTGGTGGAAGTTAGGAGTT...
XM_057915389.1
AGAAAAAAAAATCAAAAGAAATAAAGAAAAGAAAACTAAAAAAAATAAATCAAAAGCTCTTTCACAATCACCATGTTACAACCTTCTAGAACTTTCTTCAAGATCATTTCAAAAGCTCTTTCAAAAAAAACATAAAAAATAAAAATAGTACTAGTAATATACCCAAATCGATTTCCGAAGCGGATTCTTGGGTTAATACTCGATGGAGCACGAGATGAATCTACCTTTTGAGGTTGGGCAGCTGGTGGAAGTTAGGAGTT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130991282
ATGGAGCACGAGATGAATCTACCTTTTGAGGTTGGGCAGCTGGTGGAAGTTAGGAGTTTCGAGGCAGGTTTTCGCGGTGCGTGGTTCCGATGCAAGATCGATCTGACACCCCCACCTCTTGGCGAAGGTTCATCTTATAAAGGACTTCTCAAGGATTTACGTCCATCGTTAGACTGGTCTCCTGAACATGGTTGGACAGTACCTACTCAGGAAGATGACACCGGTCATCGTTGTGCTCGCATTATCAAACCTGTAAATCA...
LOC130991282
ATGGAGCACGAGATGAATCTACCTTTTGAGGTTGGGCAGCTGGTGGAAGTTAGGAGTTTCGAGGCAGGTTTTCGCGGTGCGTGGTTCCGATGCAAGATCGATCTGACACCCCCACCTCTTGGCGAAGGTTCATCTTATAAAGGACTTCTCAAGGATTTACGTCCATCGTTAGACTGGTCTCCTGAACATGGTTGGACAGTACCTACTCAGGAAGATGACACCGGTCATCGTTGTGCTCGCATTATCAAACCTGTAAATCA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057771370.1
MWANIRTSSCSYGKSGAIFFFLYSLCCSSEFLLLPFGNKSKHDTNYSLRPINYSAELAWTTLYQVAFTKGKHRELMVRPPYPPIYNEKQMPRVGEITEVTVIGGDLWRVGDLVDWWTSDSYWSGRITQLLGDDEAQIDLTPPPLGEGSSYKGLLKDLRPSLDWSPEHGWTVPTQEDDTGHRCARIIKPVNQGCGSTLHGSYSLRPRPQFISARRLRNSFLVVIDRINQVEDLHNAGQETASGETSARPLFSSPVSSNPAV...
XP_057771372.1
MEHEMNLPFEVGQLVEVRSFEAGFRGAWFRCKIREIDKKRHLLEYIDFTDEKLAWTTLYQVAFTKGKHRELMVRPPYPPIYNEKQMPRVGEITEVTVIGGDLWRVGDLVDWWTSDSYWSGRITQLLGDDEAQIDLTPPPLGEGSSYKGLLKDLRPSLDWSPEHGWTVPTQEDDTGHRCARIIKPVNQGCGSTLHGSYSLRPRPQFISARRLRNSFLVVIDRINQVEDLHNAGQETASGETSARPLFSSPVSSNPAVADAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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