Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000098`

染色体: Chr07 坐标: 537374-539143 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000098`
名称	SmilChr07G000098
描述	40S ribosomal protein S15-4
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	537374 - 539143 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991293`
GeneID	`130991293`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991293`
原始查询	`SmilChr07G000098`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	40S ribosomal protein S15-4
产物	40S ribosomal protein S15-4
Arabidopsis	`AT5G09500` (AT5G09500) Ribosomal protein S19 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830809] identity=89.9; qcov=0.98; evalue=8.57e-92; confidence=high
Rice	`Os03g0798600` (OSJNBa0094F01.1) - identity=90.7; qcov=0.921; evalue=1.9e-90; confidence=high
GO	GO:0000028 (ribosomal small subunit assembly); GO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022627 (cytosolic small ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00203 (Ribosomal_S19)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991293

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleolus	核仁	0.80000	`XP_057771403.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057771403.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057771403.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057771403.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771403.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:537618`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,B69
`Chr7:537648`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B121,B54,B70,C16,C24
`Chr7:537679`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34
`Chr7:537681`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,B122,C86
`Chr7:537702`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B118,B23,B93,C26
`Chr7:537713`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B34,C31
`Chr7:537732`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B34,C31
`Chr7:537747`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B34,C31
`Chr7:538636`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,B69
`Chr7:538655`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:538780`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C13,C40,C5
`Chr7:538807`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771403.1

151 aa

151

Ribosomal_S19

PF00203 Ribosomal_S19 49-134 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771403.1`	Pfam	`PF00203`	Ribosomal_S19	Domain	49	134	3.5e-33	114.0	Ribosomal protein S19

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915420.1
AAAGCCCATTATCAGTATTCCGCCCTAACCCTCACATATAAATATCACTCTCCCACCATTCTCTCTCCCAATTACTGTCAGAAACCCTAGCTGCGGAGCTCACACTAGCACACACCTTCACGCCGTAGTTCAGCAATCTCCACCGGCAACCATGGCGGACGTCGACCCCGAGGTAGCGGCTGGGCAGCCGAAGAAGAGAACATTCAAGAAGTTCAGCTTCCGCGGCGTTGATCTCGATGCTCTGCTTGATATGTCGACTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991293
ATGGCGGACGTCGACCCCGAGGTAGCGGCTGGGCAGCCGAAGAAGAGAACATTCAAGAAGTTCAGCTTCCGCGGCGTTGATCTCGATGCTCTGCTTGATATGTCGACTGATGAGCTCGTCAAGCTTTTCAATGCCCGCGCCAGAAGACGCTTCCAGAGAGGTTTGAAGAGGAAGCCCATGGCCTTGATCAAGAAGTTGCGCAAGGCTAAACGTGAAGCCCCAGCAGGTGAGAAGCCCGCTCTAGTCCGAACCCACCTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771403.1
MADVDPEVAAGQPKKRTFKKFSFRGVDLDALLDMSTDELVKLFNARARRRFQRGLKRKPMALIKKLRKAKREAPAGEKPALVRTHLRNMIIVPEMIGSVLGVYNGKTFNPVEIKPEMIGHYLAEFSISYKPVKHGRPGIGATHSSRFIPLK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器