当前解析结果
SmilChr07G000105| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000105 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000105 |
| 描述 | auxin-responsive protein IAA14-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 576408 - 578856 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991302 |
|---|---|
| GeneID | 130991302 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991302 |
| 原始查询 | SmilChr07G000105 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | auxin-responsive protein IAA14-like |
| 产物 | auxin-responsive protein IAA14-like |
| Arabidopsis | AT4G14550 (IAA14)indole-3-acetic acid inducible 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827102] identity=74.6; qcov=1; evalue=1.23e-116; confidence=high |
| Rice | Os12g0601300 (OsIAA30)- identity=57.8; qcov=1.22; evalue=2.12e-87; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF02309 (AUX_IAA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991302 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057771416.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771416.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771416.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771416.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057771416.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:577208 |
GAA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 9 | A24,B113,B139,B41,B42,B63,B86,B97,C72 |
Chr7:577211 |
G |
GTC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 8 | A24,B113,B139,B41,B42,B63,B86,C72 |
Chr7:577231 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 6 | A24,B113,B139,B41,B42,C72 |
Chr7:577764 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr7:577950 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C51,C57 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771416.1PF02309
AUX_IAA 9-219 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771416.1 |
Pfam | PF02309 |
AUX_IAA | Family | 9 | 219 | 1.1e-86 | 291.0 | AUX/IAA family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。