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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000122

染色体: Chr07 坐标: 701916-703607 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000122
名称SmilChr07G000122
描述uncharacterized SmilChr07G000122
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向701916 - 703607 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991314
GeneID130991314
locus_tag-
NCBI NameLOC130991314
原始查询SmilChr07G000122

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991314

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057771428.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057771430.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057771430.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057771428.1
5 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057771432.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:701987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B35
Chr7:701998 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr7:702237 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B32,B78,B83,C33,C72
Chr7:702268 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 91 A1,A18,A23,A24,A25,A4,A8,A9,B10,B102,B103,B104,B108,B11,B112,B114,B115,B124,B128,B129,B13,B135,B18,B2,B21,B25,B29,B3,B30,B32,B4,B40,B44,B47,B5,B50,B54,B57,B6,B62,B63,B66,B68,B7,B72,B73,B77,B78,B79,B80,B81,B83,B84,B85,B87,B91,C11,C12,C16,C18,C19,C30,C31,C33,C36,C39,C4,C43,C45,C48,C49,C51,C53,C55,C6,C62,C65,C66,C69,C70,C74,C78,C79,C81,C84,D10,D3,D4,D5,D7,D8
Chr7:702288 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,C42
Chr7:702289 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B64,B93,C46,C82
Chr7:702289 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B64,B93,C46,C82
Chr7:702490 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,C42
Chr7:702492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr7:702494 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 B2,B49,B53,B60,B65,B79,C36,C63,C87
Chr7:702569 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 170 A1,A11,A13,A14,A16,A18,A19,A2,A20,A25,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B100,B101,B103,B105,B106,B107,B109,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B132,B134,B137,B138,B14,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B21,B22,B23,B28,B29,B30,B32,B33,B34,B35,B36,B4,B41,B44,B45,B46,B47,B50,B53,B54,B59,B6,B60,B63,B64,B65,B70,B71,B72,B73,B74,B78,B79,B8,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B95,B97,B98,B99,C1,C10,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C19,C20,C21,C22,C23,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C37,C38,C39,C42,C44,C47,C48,C49,C5,C50,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C59,C60,C62,C63,C67,C7,C70,C73,C75,C76,C77,C79,C81,C82,C83,C84,C87,C9,D1,D11,D3,D4,D5,D6,D9
Chr7:702585 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 5 A19,B19,B74,C42,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091126.1
AATTTTCTAATTTTAACCCTAAACCCTAACACATCTGAAACTCAACTCCTCCTTATTCCTACCCGCGCCGCTCTTCTCACTCTCAGCCTCTCATTCGTCCCTCCCTCCCTTCCGTCCAGCGCCGCGCCGTGCCGTGCCGTCGTCCACCCATCGTCGCCGTGTCGTCCGCCTGTCGCGGACTACCCAGGCTGGGCCGGGCGTCTCCCCTTCCGCGACGCGACAGCCCTGGCGACTACCCCCTTCTCGGTTCCAGTTTCCAG...
XR_009091124.1
AATTTTCTAATTTTAACCCTAAACCCTAACACATCTGAAACTCAACTCCTCCTTATTCCTACCCGCGCCGCTCTTCTCACTCTCAGCCTCTCATTCGTCCCTCCCTCCCTTCCGTCCAGCGCCGCGCCGTGCCGTGCCGTCGTCCACCCATCGTCGCCGTGTCGTCCGCCTGTCGCGGACTACCCAGGCTGGGCCGGGCGTCTCCCCTTCCGCGACGCGACAGCCCTGGCGACTACCCCCTTCTCGGTTCCAGTTTCCAG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130991314
ATGAATTTTCGAACTTCAATTCTGGTGCCTTCTCTCTTGAAGCCTGCAGTTACATTGCTTCTGAACAAGGGGAAACTATTACATTTGCTGATGTTGCTGGTGTTGACGAGGCAAAAGAGGAGCTGGAAGAGATTGTGTCGATCGAAGAAGAAAGCGGCGACAATGGAGATGCGAAATAAAATTAGTGGAGACGATGGAGATAGTCTCCTATACATATCAGAGATTCGTCTTTATAGAACCGTGGGTGGGAGCTGTATCGT...
LOC130991314
ATGAAACTTGTGTGCAATTTTCCCCAATTAAGTGAAACGTTTTGCTTCTGCCTTGAATCAGGTGCCTTCTCTCTTGAAGCCTGCAGTTACATTGCTTCTGAACAAGGGGAAACTATTACATTTGCTGATGTTGCTGGTGTTGACGAGGCAAAAGAGGAGCTGGAAGAGATTGTGATCTTCTTGTTAATAAGTTCCAATACAGTCGATCGAAGAAGAAAGCGGCGACAATGGAGATGCGAAATAAAATTAGTGGAGACGAT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057771428.1
MKLVCNFPQLSETFCFCLESGAFSLEACSYIASEQGETITFADVAGVDEAKEELEEIVIFLLISSNTVDRRRKRRQWRCEIKLVETMEIVSYTYQRFVFIGPYIDRFFVVDSLVDETCKLAEHY
XP_057771429.1
MKLVCNFPQLSETFCFCLESGAFSLEACSYIASEQGETITFADVAGVDEAKEELEEIVIFLLISSNTVDRRRKRRQWRCEIKLVETMEIVSYTYQRFVFIDSLVDETCKLAEHY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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