当前解析结果
SmilChr07G000127| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000127 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000127 |
| 描述 | photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 743683 - 746075 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991321 |
|---|---|
| GeneID | 130991321 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991321 |
| 原始查询 | SmilChr07G000127 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic |
| 产物 | photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT5G43750 (PnsB5)NAD(P)H dehydrogenase 18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834396] identity=56.6; qcov=1.03; evalue=1.11e-84; confidence=high |
| Rice | Os01g0929100- identity=66.5; qcov=0.816; evalue=2.36e-73; confidence=high |
| GO | GO:0006979 (response to oxidative stress); GO:0009507 (chloroplast) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF28765 (PNSB5_C); PF28784 (PnsB5_helical) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991321 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057771438.1 |
| 2 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 1.00000 | XP_057771438.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid membrane | 类囊体膜 | 1.00000 | XP_057771438.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771438.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771438.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:745802 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B121 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771438.1PF28784
PnsB5_helical 113-156 aa
PF28765
PNSB5_C 162-212 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771438.1 |
Pfam | PF28784 |
PnsB5_helical | Domain | 113 | 156 | 6.2e-27 | 94.3 | PnsB5 helical domain |
XP_057771438.1 |
Pfam | PF28765 |
PNSB5_C | Domain | 162 | 212 | 1.7e-35 | 121.1 | Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5 C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。