Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000147`

染色体: Chr07 坐标: 879402-882834 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000147`
名称	SmilChr07G000147
描述	F-box/LRR-repeat protein At5g02910-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	879402 - 882834 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991335`
GeneID	`130991335`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991335`
原始查询	`SmilChr07G000147`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box/LRR-repeat protein At5g02910-like
产物	F-box/LRR-repeat protein At5g02910-like
Arabidopsis	`AT3G03360` (AT3G03360) F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821272] identity=27.1; qcov=0.711; evalue=7.86e-06; confidence=low
Rice	`-` -
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF24758 (LRR_At5g56370)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991335

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057771456.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771456.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771456.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057771456.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057771456.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:879627`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B96
`Chr7:879657`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B115,B20
`Chr7:879899`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,C32
`Chr7:880540`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B118,B2,B48
`Chr7:880613`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	42	A10,A2,A22,A24,A6,A9,B107,B117,B120,B130,B131,B133,B138,B15,B16,B18,B21,B25,B32,B51,B58,B6,B60,B61,B62,B70,B80,C42,C47,C49,C51,C54,C57,C62,C65,C67,C7,C71,C75,C8,D3,D8
`Chr7:880688`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr7:880700`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C61
`Chr7:880767`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B16,D3
`Chr7:880809`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B51,B72,C64,C66,C83
`Chr7:880854`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C56
`Chr7:880918`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr7:880926`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B26,C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771456.1

484 aa

242

484

LRR_At5g56370

PF24758 LRR_At5g56370 114-237 aa

XP_057771457.1

433 aa

216

433

LRR_At5g56370

PF24758 LRR_At5g56370 114-237 aa

XP_057771459.1

383 aa

192

383

LRR_At5g56370

PF24758 LRR_At5g56370 114-237 aa

XP_057771460.1

353 aa

176

353

LRR_At5g56370

PF24758 LRR_At5g56370 21-105 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771456.1`	Pfam	`PF24758`	LRR_At5g56370	Repeat	114	237	2e-11	44.7	FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats
`XP_057771457.1`	Pfam	`PF24758`	LRR_At5g56370	Repeat	114	237	1.2e-11	45.4	FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats
`XP_057771459.1`	Pfam	`PF24758`	LRR_At5g56370	Repeat	114	237	1.3e-11	45.4	FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats
`XP_057771460.1`	Pfam	`PF24758`	LRR_At5g56370	Repeat	21	105	4.9e-10	40.2	FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915476.1
AAGGCATCATCCTCCACAAAAATCAAAGATACATAAAATCTTCATCCCCAAAATCAAAGATACATAAATCAAACCATAATTTCCTGTGCCTTGAGCTCGAGAGAGAGAGAGAGATCCGAGGTTGAGGTGCGCGAGAGAGAGAGAGAGATCCGAGATCTGAGCTTCTATGTCGCCTCACCTTCACCTCTCCGCCCTCACCTTCGCTTCTCCGCCGCCCGCAAAACCTTGATTTCGGCGGATCTAGGGCTTCCGGCGAAGCG...

XM_057915474.1
GGCATCATCCTCCACAAAAATCAAAGATACATAAAATCTTCATCCCCAAAATCAAAGATACATAAATCAAACCATAATTTCCTGTGCCTTGAGCTCGAGAGAGAGAGAGAGATCCGAGGTTGAGGTGCGCGAGAGAGAGAGAGAGATCCGAGATCTGAGCTTCTATGTCGCCTCACCTTCACCTCTCCGCCCTCACCTTCGCTTCTCCGCCGCCCGCAAAACCTTGATTTCGGCGGATCTAGGGCTTCCGGCGAAGCGTA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC130991335
ATGGATCGACTCAGTGAGTTGCCCGACTCTGTTATATTTCACATATTTTGGTCGTTGCCTATGTGGGACGTTGTTAGGACAACAATTCTGTCAAAGCGCTGGTTAAACCTCTGGACAACCACCCCCTTCCTTAATTTTGATGATCCTCATATGCATTTTGGTACCGTAGATCGATTTCGAAACTTCGTTCAGCGGGCTTTATTACGCTGGGATGGGGTAAAGGTTCTGAAATTCAAGGTTGAAAGTGATACCACTGATGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057771456.1
MDRLSELPDSVIFHIFWSLPMWDVVRTTILSKRWLNLWTTTPFLNFDDPHMHFGTVDRFRNFVQRALLRWDGVKVLKFKVESDTTDEEDCEPIHEDADLWDLPRKFEPIHEDVDLWVRFAKKFEVEELYLHMVIQDDHESRSGDIDDLIHWVPQFLYSCSSLKVLSIENCYFRIKGNVQWNHLKSLTISRGYGVSEDVMNQILCGSPQLEVLIMSFFECSKSLCIRSNSLKELSINKHLYDYDASTYTTTELRIWTPNLK...

XP_057771457.1
MDRLSELPDSVIFHIFWSLPMWDVVRTTILSKRWLNLWTTTPFLNFDDPHMHFGTVDRFRNFVQRALLRWDGVKVLKFKVESDTTDEEDCEPIHEDADLWDLPRKFEPIHEDVDLWVRFAKKFEVEELYLHMVIQDDHESRSGDIDDLIHWVPQFLYSCSSLKVLSIENCYFRIKGNVQWNHLKSLTISRGYGVSEDVMNQILCGSPQLEVLIMSFFECSKSLCIRSNSLKELSINKHLYDYDASTYTTTELRIWTPNLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器