Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000149`

染色体: Chr07 坐标: 888198-891294 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000149`
名称	SmilChr07G000149
描述	F-box/LRR-repeat protein At3g26922-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	888198 - 891294 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991347`
GeneID	`130991347`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991347`
原始查询	`SmilChr07G000149`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box/LRR-repeat protein At3g26922-like
产物	F-box/LRR-repeat protein At3g26922-like
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF24758 (LRR_At5g56370)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991347

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057771492.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771492.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771492.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057771492.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057771492.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:888860`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr7:889091`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C25,D11
`Chr7:889930`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	17	A1,A14,B126,B43,B47,B55,B57,B66,B69,B86,B88,C20,C54,C60,C61,C75,C87
`Chr7:889936`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	17	A1,A14,B126,B43,B47,B55,B57,B66,B69,B86,B88,C20,C54,C60,C61,C75,C87
`Chr7:890031`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B48,D4
`Chr7:890043`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	67	A10,A15,A18,A23,A3,A9,B101,B11,B120,B128,B129,B13,B134,B135,B14,B15,B16,B17,B18,B23,B25,B26,B27,B28,B29,B30,B35,B46,B48,B5,B50,B54,B58,B60,B66,B68,B69,B72,B75,B78,B79,B8,B80,B91,B93,B95,B99,C12,C19,C21,C31,C32,C36,C38,C41,C45,C48,C55,C61,C62,C67,C68,C72,C8,C87,D2,D9
`Chr7:890048`	`T`	`TCG`	2bp_insertion	frameshift_variant	61	A10,A15,A18,A23,A3,A9,B101,B11,B120,B128,B129,B13,B134,B135,B14,B15,B17,B18,B23,B25,B26,B27,B28,B29,B30,B35,B5,B50,B54,B58,B60,B66,B69,B72,B75,B78,B8,B91,B93,B95,B99,C12,C19,C21,C31,C32,C36,C38,C41,C45,C48,C55,C61,C62,C67,C68,C72,C8,C87,D2,D9
`Chr7:890050`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	82	A10,A13,A25,A4,A5,A7,A9,B1,B10,B100,B102,B105,B108,B109,B119,B122,B127,B129,B131,B132,B136,B18,B19,B2,B21,B22,B24,B25,B30,B33,B40,B45,B47,B52,B58,B59,B60,B62,B67,B7,B70,B75,B79,B81,B84,B85,B88,B9,B96,C10,C13,C14,C17,C18,C19,C23,C25,C27,C28,C29,C30,C33,C34,C36,C42,C43,C48,C49,C5,C50,C54,C55,C56,C6,C61,C7,C71,C79,C87,C9,D7,D8
`Chr7:890052`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	116	A1,A14,A15,A18,A2,A21,A22,A23,A25,A7,B10,B100,B101,B104,B106,B108,B11,B114,B118,B119,B121,B122,B124,B125,B126,B128,B13,B131,B132,B134,B135,B137,B138,B139,B14,B19,B2,B21,B22,B23,B24,B27,B29,B30,B33,B34,B36,B45,B46,B53,B56,B57,B58,B6,B66,B68,B69,B74,B75,B76,B78,B80,B84,B87,B88,B89,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B99,C1,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C21,C22,C25,C28,C3,C31,C32,C33,C38,C46,C47,C48,C50,C53,C56,C58,C60,C62,C64,C65,C66,C67,C68,C70,C72,C76,C8,C80,C85,C86,C9,D10,D2,D5,D8,D9
`Chr7:890058`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	69	A13,A25,A4,A5,A7,B1,B10,B100,B102,B105,B108,B109,B119,B122,B131,B132,B136,B2,B21,B22,B24,B33,B40,B45,B47,B52,B58,B59,B62,B67,B7,B70,B79,B81,B84,B85,B88,B9,B96,C10,C13,C14,C17,C18,C19,C23,C25,C27,C28,C29,C30,C33,C34,C36,C42,C43,C49,C5,C50,C54,C55,C56,C6,C7,C71,C79,C9,D7,D8
`Chr7:890061`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	52	A2,A25,A7,B10,B100,B106,B107,B118,B119,B121,B130,B139,B21,B22,B24,B30,B33,B34,B38,B4,B45,B6,B63,B65,B74,B75,B76,B88,B89,C14,C16,C17,C20,C22,C3,C39,C50,C53,C58,C64,C66,C70,C76,C77,C80,C83,C84,C85,C9,D3,D6,D8
`Chr7:890067`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	74	A13,A25,A4,A5,A7,B1,B10,B100,B102,B105,B108,B109,B119,B122,B131,B132,B136,B2,B21,B22,B24,B30,B33,B40,B45,B47,B52,B58,B59,B62,B67,B7,B70,B75,B79,B81,B84,B85,B88,B9,B96,C10,C13,C14,C17,C18,C19,C23,C25,C27,C28,C29,C30,C33,C34,C36,C42,C43,C48,C49,C5,C50,C53,C54,C55,C56,C6,C7,C71,C79,C87,C9,D7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771492.1

463 aa

232

463

F-box

LRR_At5g56370

PF00646 F-box 4-43 aa PF24758 LRR_At5g56370 95-213 aa

XP_057771493.1

463 aa

232

463

F-box

LRR_At5g56370

PF00646 F-box 4-43 aa PF24758 LRR_At5g56370 95-213 aa

XP_057771494.1

363 aa

182

363

LRR_At5g56370

PF24758 LRR_At5g56370 25-113 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771492.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	4	43	2.4e-06	27.9	F-box domain
`XP_057771492.1`	Pfam	`PF24758`	LRR_At5g56370	Repeat	95	213	6.5e-10	39.8	FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats
`XP_057771493.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	4	43	2.4e-06	27.9	F-box domain
`XP_057771493.1`	Pfam	`PF24758`	LRR_At5g56370	Repeat	95	213	6.5e-10	39.8	FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats
`XP_057771494.1`	Pfam	`PF24758`	LRR_At5g56370	Repeat	25	113	6.2e-09	36.6	FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915510.1
TTCGAGAATTTGATAGAATGCTTTGATTTTGAAGATGGATCGACTCAGTGAGTTGCCGGACTCTGTTATATTTCACATATTTTGGTTCTTGCCGATTAGGGATTTTGTTAGGACAACGATTCTATCCAAGCGCTGGAAAAACCTCTGGACCACCACTCCCTTCCTTAACATGACTGATCATGAGAGACTCTCTTTTGATCATAAAAAATTTTCAAGCATTGTTCATCGGGTTTTATTACGCTGGGATGGGGTAAAGGTTC...

XM_057915511.1
AAACCCTAGAAAACTCTCATCGCCCCCACTCCATAGTCCACACCATTCAATTCATCTTCTCTAATTTTCGCCGCCATTGACAAACCCGCCACTCCATCAGCTGAAAGAAAACCGCATCTGTTCGTCAACTAATTTTTCCAGATTCGCTCACTCCGCCGCCGCCTCTGTGGCTCCCTCCGCCCCTTACGCGTCGGCGTCTCGACTTCCTCGTTGAACAAGCTCTTTCTCTAGCTCAGCTACGAGCTGAACTCGAGTCTGTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130991347
ATGGATCGACTCAGTGAGTTGCCGGACTCTGTTATATTTCACATATTTTGGTTCTTGCCGATTAGGGATTTTGTTAGGACAACGATTCTATCCAAGCGCTGGAAAAACCTCTGGACCACCACTCCCTTCCTTAACATGACTGATCATGAGAGACTCTCTTTTGATCATAAAAAATTTTCAAGCATTGTTCATCGGGTTTTATTACGCTGGGATGGGGTAAAGGTTCTGAAATTCAAGGTTAAAATGCATCATTTTCTTTC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057771492.1
MDRLSELPDSVIFHIFWFLPIRDFVRTTILSKRWKNLWTTTPFLNMTDHERLSFDHKKFSSIVHRVLLRWDGVKVLKFKVKMHHFLSAYGDAHLWVRFAKMHEVEELYLHWRDLHLKRTGNNDHKVRWVPQYLYSCSSLKVLSIHTSYFRITGNVQWNHLKSLTIINGFGVTEDVINQILCGSPQLEVLILSLVESDESLHIRSTSLKELSMNKHLHDADDDSSTYTAELRIWTPNLKTLEIKGIPYGKCLLMNVSSLTH...

XP_057771493.1
MDRLSELPDSVIFHIFWFLPIRDFVRTTILSKRWKNLWTTTPFLNMTDHERLSFDHKKFSSIVHRVLLRWDGVKVLKFKVKMHHFLSAYGDAHLWVRFAKMHEVEELYLHWRDLHLKRTGNNDHKVRWVPQYLYSCSSLKVLSIHTSYFRITGNVQWNHLKSLTIINGFGVTEDVINQILCGSPQLEVLILSLVESDESLHIRSTSLKELSMNKHLHDADDDSSTYTAELRIWTPNLKTLEIKGIPYGKCLLMNVSSLTH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器