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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000153

染色体: Chr07 坐标: 904183-933659 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000153
名称SmilChr07G000153
描述putative F-box protein At1g49610
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向904183 - 933659 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991337
GeneID130991337
locus_tag-
NCBI NameLOC130991337
原始查询SmilChr07G000153

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative F-box protein At1g49610
产物putative F-box protein At1g49610
ArabidopsisAT5G27750 (AT5G27750)
F-box/FBD-like domains containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832837]
identity=46; qcov=0.279; evalue=2.72e-10; confidence=weak
RiceOs08g0270000 (OsFbox433)
-
identity=40.3; qcov=0.319; evalue=6.57e-10; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00646 (F-box); PF23622 (LRR_At1g61320_AtMIF1); PF24758 (LRR_At5g56370)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991337

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771462.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057771470.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057771470.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771462.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771462.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:904475 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C50
Chr7:904475 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C50
Chr7:904524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr7:904576 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C50
Chr7:904576 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 C50
Chr7:904584 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr7:904600 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B106,B123,C44
Chr7:904654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C27,C82
Chr7:904827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B111,B8,B9,C7
Chr7:905897 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr7:905952 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,B8
Chr7:906029 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B4,B54,C15,C21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771462.1
482 aa
N
1
241
482
F-box
LRR_At5g56370
C
PF00646 F-box 4-40 aa PF24758 LRR_At5g56370 101-229 aa
XP_057771463.1
482 aa
N
1
241
482
F-box
LRR_At5g56370
C
PF00646 F-box 4-40 aa PF24758 LRR_At5g56370 101-229 aa
XP_057771464.1
482 aa
N
1
241
482
F-box
LRR_At5g56370
C
PF00646 F-box 4-40 aa PF24758 LRR_At5g56370 101-229 aa
XP_057771465.1
470 aa
N
1
235
470
F-box
LRR_At5g56370
C
PF00646 F-box 4-40 aa PF24758 LRR_At5g56370 95-212 aa
XP_057771466.1
469 aa
N
1
234
469
F-box
LRR_At5g56370
C
PF00646 F-box 4-40 aa PF24758 LRR_At5g56370 95-212 aa
XP_057771467.1
458 aa
N
1
229
458
F-box
LRR_At1g61320_AtMIF1
LRR_At5g56370
C
PF00646 F-box 4-40 aa PF23622 LRR_At1g61320_AtMIF1 71-391 aa PF24758 LRR_At5g56370 95-212 aa
XP_057771468.1
457 aa
N
1
228
457
F-box
LRR_At1g61320_AtMIF1
LRR_At5g56370
C
PF00646 F-box 4-40 aa PF23622 LRR_At1g61320_AtMIF1 71-390 aa PF24758 LRR_At5g56370 95-212 aa
XP_057771469.1
473 aa
N
1
236
473
F-box
LRR_At1g61320_AtMIF1
LRR_At5g56370
C
PF00646 F-box 4-40 aa PF23622 LRR_At1g61320_AtMIF1 71-424 aa PF24758 LRR_At5g56370 95-238 aa
XP_057771470.1
233 aa
N
1
116
233
F-box
C
PF00646 F-box 4-40 aa
XP_057771471.1
226 aa
N
1
113
226
F-box
C
PF00646 F-box 4-40 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771462.1 Pfam PF00646 F-box Domain 4 40 0.0001 22.8 F-box domain
XP_057771462.1 Pfam PF24758 LRR_At5g56370 Repeat 101 229 3.3e-15 57.1 FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats
XP_057771463.1 Pfam PF00646 F-box Domain 4 40 0.0001 22.8 F-box domain
XP_057771463.1 Pfam PF24758 LRR_At5g56370 Repeat 101 229 3.3e-15 57.1 FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats
XP_057771464.1 Pfam PF00646 F-box Domain 4 40 0.0001 22.8 F-box domain
XP_057771464.1 Pfam PF24758 LRR_At5g56370 Repeat 101 229 3.3e-15 57.1 FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats
XP_057771465.1 Pfam PF00646 F-box Domain 4 40 9.1e-05 22.9 F-box domain
XP_057771465.1 Pfam PF24758 LRR_At5g56370 Repeat 95 212 1.5e-15 58.2 FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats
XP_057771466.1 Pfam PF00646 F-box Domain 4 40 9.1e-05 22.9 F-box domain
XP_057771466.1 Pfam PF24758 LRR_At5g56370 Repeat 95 212 2.2e-14 54.4 FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats
XP_057771467.1 Pfam PF00646 F-box Domain 4 40 8.8e-05 23.0 F-box domain
XP_057771467.1 Pfam PF23622 LRR_At1g61320_AtMIF1 Repeat 71 391 4.5e-09 36.9 At1g61320/AtMIF1, LRR domain
XP_057771467.1 Pfam PF24758 LRR_At5g56370 Repeat 95 212 1.5e-15 58.2 FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats
XP_057771468.1 Pfam PF00646 F-box Domain 4 40 8.8e-05 23.0 F-box domain
XP_057771468.1 Pfam PF23622 LRR_At1g61320_AtMIF1 Repeat 71 390 1.2e-07 32.2 At1g61320/AtMIF1, LRR domain
XP_057771468.1 Pfam PF24758 LRR_At5g56370 Repeat 95 212 2.1e-14 54.5 FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats
XP_057771469.1 Pfam PF00646 F-box Domain 4 40 1.2e-05 25.7 F-box domain
XP_057771469.1 Pfam PF23622 LRR_At1g61320_AtMIF1 Repeat 71 424 3.4e-09 37.3 At1g61320/AtMIF1, LRR domain
XP_057771469.1 Pfam PF24758 LRR_At5g56370 Repeat 95 238 3.8e-18 66.7 FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats
XP_057771470.1 Pfam PF00646 F-box Domain 4 40 4.7e-06 27.0 F-box domain
XP_057771471.1 Pfam PF00646 F-box Domain 4 40 5.1e-05 23.7 F-box domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915481.1
TTTTATTTCGAAGATTTGCCATTTTATCTGCTGTCCAAAAAAGTTCCAAGGCTTAATTTTCCACTTCAATTTTAGCTCAAACAAGGGTTTTGTTGGCTCGAGAACGAAGAAGCGTTCATCTTGAGAGGTTTTGATGGATCGACTCAGTGAGTTGCCGGACTCGTTAATATTTCACATATTTTGGTCGTTGCCTATGACTGATGTTGTTCGGACAACGATTCTATCGAAGCGCTGGAAAAACCTTTGGACCACCGCACTCT...
XM_057915480.1
CGATTTTAAAACCCCAAGTTCCAAGCTTAATTTTCCACTTTAGTGCTTTTAGGCAGCAATGCTACAATGCCTTTTGAGTCTCCTTTGTTTGTTCATTAGCTCAAACAAGGGTTTTGTTGGCGCGAGAGCGAAGAAGCGTTCATCTTGAGAGGTTTTGATGGATCGACTCAGTGAGTTGCCGGACTCGTTAATATTTCACATATTTTGGTCGTTGCCTATGACTGATGTTGTTCGGACAACGATTCTATCGAAGCGCTGGA...

CDS

10 records

下载 CDS FASTA
LOC130991337
ATGGATCGACTCAGTGAGTTGCCGGACTCGTTAATATTTCACATATTTTGGTCGTTGCCTATGACTGATGTTGTTCGGACAACGATTCTATCGAAGCGCTGGAAAAACCTTTGGACCACCGCACTCTGCCTTAATTTCGACAATGATGCCATGAACTTTGATGATGATAGAGAGCTTCAAAACTTCGTTAATCGGGCCTTATTGCGCTGGAATGGGGTGCTTGGAGCTATGATAAAGAGATGCATGAATTCCTCTTATCC...
LOC130991337
ATGGATCGACTCAGTGAGTTGCCGGACTCGTTAATATTTCACATATTTTGGTCGTTGCCTATGACTGATGTTGTTCGGACAACGATTCTATCGAAGCGCTGGAAAAACCTTTGGACCACCGCACTCTGCCTTAATTTCGACAATGATGCCATGAACTTTGATGATGATAGAGAGCTTCAAAACTTCGTTAATCGGGCCTTATTGCGCTGGAATGGGGTAAGGCTTCTGAAATTCAAGTTCAATTTGGGTTATAAGGTCAA...

Protein

10 records

下载 Protein FASTA
XP_057771462.1
MDRLSELPDSLIFHIFWSLPMTDVVRTTILSKRWKNLWTTALCLNFDNDAMNFDDDRELQNFVNRALLRWNGVRLLKFKFNLGYKVKSVYQNDGSMYLGTDLWVQFATNKEVEEFYLHIRLPKDWDDDFDSMDDIYYVPQCVYSCSSLKVLSFEDCNFRVYGNVQWNQLKSLTITYGFGVTEHLINQILCGSPRLEVLIMSFVDVGEHLCIRSTSLKVLSIHKFFCSREDLWWDSELRICTPNLETLEIGGVPYRKSMLV...
XP_057771463.1
MDRLSELPDSLIFHIFWSLPMTDVVRTTILSKRWKNLWTTALCLNFDNDAMNFDDDRELQNFVNRALLRWNGVRLLKFKFNLGYKVKSVYQNDGSMYLGTDLWVQFATNKEVEEFYLHIRLPKDWDDDFDSMDDIYYVPQCVYSCSSLKVLSFEDCNFRVYGNVQWNQLKSLTITYGFGVTEHLINQILCGSPRLEVLIMSFVDVGEHLCIRSTSLKVLSIHKFFCSREDLWWDSELRICTPNLETLEIGGVPYRKSMLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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