当前解析结果
SmilChr07G000162| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000162 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000162 |
| 描述 | putative F-box protein At1g49610 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 964203 - 966755 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991352 |
|---|---|
| GeneID | 130991352 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991352 |
| 原始查询 | SmilChr07G000162 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative F-box protein At1g49610 |
| 产物 | putative F-box protein At1g49610 |
| Arabidopsis | AT3G28410 (AT3G28410)F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822470] identity=27.3; qcov=0.761; evalue=3.33e-19; confidence=low |
| Rice | Os07g0287000 (OsFbox367)- identity=28.1; qcov=0.53; evalue=1.71e-12; confidence=low |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00646 (F-box); PF24758 (LRR_At5g56370) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991352 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057771502.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771502.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771502.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771502.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057771502.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:964276 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B48,C34 |
Chr7:964313 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B33,B93,D10 |
Chr7:964433 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr7:964452 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A13,B111,B8,B9 |
Chr7:964553 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,B65,B95 |
Chr7:964555 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A24,B16,B61,B86,C49 |
Chr7:964646 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr7:964658 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A11,B2 |
Chr7:964661 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C78,D3 |
Chr7:964702 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:964707 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr7:964778 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,C17 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771502.1PF00646
F-box 13-50 aa
PF24758
LRR_At5g56370 107-231 aa
XP_057771503.1PF00646
F-box 13-50 aa
PF24758
LRR_At5g56370 107-231 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771502.1 |
Pfam | PF00646 |
F-box | Domain | 13 | 50 | 1.3e-08 | 35.1 | F-box domain |
XP_057771502.1 |
Pfam | PF24758 |
LRR_At5g56370 | Repeat | 107 | 231 | 2e-15 | 57.8 | FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats |
XP_057771503.1 |
Pfam | PF00646 |
F-box | Domain | 13 | 50 | 1.3e-08 | 35.1 | F-box domain |
XP_057771503.1 |
Pfam | PF24758 |
LRR_At5g56370 | Repeat | 107 | 231 | 1.8e-15 | 57.9 | FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。