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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000167

染色体: Chr07 坐标: 1017432-1025739 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000167
名称SmilChr07G000167
描述calmodulin-like protein 11
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1017432 - 1025739 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991357
GeneID130991357
locus_tag-
NCBI NameLOC130991357
原始查询SmilChr07G000167

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calmodulin-like protein 11
产物calmodulin-like protein 11
ArabidopsisAT4G14640 (CAM8)
calmodulin 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827114]
identity=85.5; qcov=0.967; evalue=4.24e-88; confidence=high
RiceOs01g0279300 (OsCaM3)
-
identity=81.1; qcov=0.987; evalue=6.49e-87; confidence=high
GOGO:0005509 (calcium ion binding); GO:0030234 (enzyme regulator activity)
KEGGsmil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00036 (EF-hand_1); PF13202 (EF-hand_5); PF13405 (EF-hand_6); PF13499 (EF-hand_7); PF13833 (EF-hand_8); PF14658 (EF-hand_9)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991357

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057771507.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057771507.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057771507.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771507.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771507.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:1017533 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:1017542 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C18
Chr7:1017542 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 C18
Chr7:1017694 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B134,B65,B95,C72
Chr7:1018063 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,B74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771507.1
150 aa
N
1
75
150
EF-hand_1
EF-hand_6
EF-hand_7
EF-hand_5
EF-hand_9
EF-hand_8
EF-hand_1
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_7
EF-hand_1
EF-hand_6
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_1
EF-hand_5
C
PF00036 EF-hand_1 12-40 aa PF13405 EF-hand_6 12-40 aa PF13499 EF-hand_7 13-73 aa PF13202 EF-hand_5 14-36 aa PF14658 EF-hand_9 16-75 aa PF13833 EF-hand_8 25-75 aa PF00036 EF-hand_1 48-75 aa PF13202 EF-hand_5 49-73 aa PF13833 EF-hand_8 83-108 aa PF13499 EF-hand_7 83-147 aa PF00036 EF-hand_1 85-112 aa PF13405 EF-hand_6 85-114 aa PF13202 EF-hand_5 86-110 aa PF13833 EF-hand_8 97-146 aa PF00036 EF-hand_1 121-148 aa PF13202 EF-hand_5 124-146 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771507.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 12 40 2.5e-40 133.7 EF hand domain
XP_057771507.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 12 40 1.5e-31 105.8 EF-hand domain
XP_057771507.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 13 73 5.2e-42 142.8 EF-hand domain pair
XP_057771507.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 14 36 6.2e-27 92.5 EF hand
XP_057771507.1 Pfam PF14658 EF-hand_9 Domain 16 75 1.7e-19 70.7 EF-hand domain
XP_057771507.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 25 75 1.1e-26 93.0 EF-hand domain pair
XP_057771507.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 48 75 2.5e-40 133.7 EF hand domain
XP_057771507.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 49 73 6.2e-27 92.5 EF hand
XP_057771507.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 83 108 1.1e-26 93.0 EF-hand domain pair
XP_057771507.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 83 147 5.2e-42 142.8 EF-hand domain pair
XP_057771507.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 85 112 2.5e-40 133.7 EF hand domain
XP_057771507.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 85 114 1.5e-31 105.8 EF-hand domain
XP_057771507.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 86 110 6.2e-27 92.5 EF hand
XP_057771507.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 97 146 1.1e-26 93.0 EF-hand domain pair
XP_057771507.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 121 148 2.5e-40 133.7 EF hand domain
XP_057771507.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 124 146 6.2e-27 92.5 EF hand

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915524.1
AAGCCCAGCGAGGATTGAGCTTTACTCAACACCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACACCTGCAAAAACCTCATGGGAGACATATTGAACGAAGACCAGATAGTGGAGTTCCAAGAGGCCTTTAGCCTATTTGACAAAGATGGAGATGGGTGCATCACCATTGAAGAATTGGCGACTGTAATAAGGTCTTTGGATCAAAACCCCACAGAGGAAGAGCTCCAAGACATGATCAATGAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991357
ATGGGAGACATATTGAACGAAGACCAGATAGTGGAGTTCCAAGAGGCCTTTAGCCTATTTGACAAAGATGGAGATGGGTGCATCACCATTGAAGAATTGGCGACTGTAATAAGGTCTTTGGATCAAAACCCCACAGAGGAAGAGCTCCAAGACATGATCAATGAAATCGATTCCAATGGAAATGGCACCATAGAATTCTCTGAATTCTTGAATCTCATGGCCAAGAAAATGAAGGAAACTGATGCGGAGGAAGAGCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771507.1
MGDILNEDQIVEFQEAFSLFDKDGDGCITIEELATVIRSLDQNPTEEELQDMINEIDSNGNGTIEFSEFLNLMAKKMKETDAEEELKEAFKVFDKDQNGYISAEELRHVMINLGEKLTDEEVEQMIREADLDGDGQVNYDEFVKMMMAIG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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