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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000170

染色体: Chr07 坐标: 1060742-1063852 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000170
名称SmilChr07G000170
描述putative calcium-transporting ATPase 13, plasma membrane-type
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1060742 - 1063852 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991360
GeneID130991360
locus_tag-
NCBI NameLOC130991360
原始查询SmilChr07G000170

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative calcium-transporting ATPase 13, plasma membrane-type
产物putative calcium-transporting ATPase 13%2C plasma membrane-type
ArabidopsisAT3G63380 (AT3G63380)
ATPase E1-E2 type family protein / haloacid dehalogenase-like hydrolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825513]
identity=40.3; qcov=0.88; evalue=2.74e-169; confidence=medium
RiceOs10g0418100 (ACA8)
-
identity=35.2; qcov=0.961; evalue=9.12e-153; confidence=medium
GOGO:0000166 (nucleotide binding); GO:0005388 (P-type calcium transporter activity); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle)
KEGG-
PfamPF00122 (E1-E2_ATPase); PF00689 (Cation_ATPase_C); PF00690 (Cation_ATPase_N); PF13246 (Cation_ATPase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991360

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057771510.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057771511.1
3 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057771510.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771510.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771510.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:1060963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B104
Chr7:1061123 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B4,B54,C12,C21,C42
Chr7:1061552 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr7:1061563 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,B98
Chr7:1061639 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr7:1061677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:1061706 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr7:1061729 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C43,C83
Chr7:1061759 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,B81,C34
Chr7:1061846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr7:1061860 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B24,B59,B74,D6
Chr7:1061896 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771510.1
967 aa
N
1
484
967
Cation_ATPase_N
E1-E2_ATPase
Cation_ATPase
Cation_ATPase_C
C
PF00690 Cation_ATPase_N 103-169 aa PF00122 E1-E2_ATPase 218-309 aa PF13246 Cation_ATPase 488-618 aa PF00689 Cation_ATPase_C 811-911 aa
XP_057771511.1
852 aa
N
1
426
852
Cation_ATPase_N
E1-E2_ATPase
Cation_ATPase
C
PF00690 Cation_ATPase_N 103-169 aa PF00122 E1-E2_ATPase 218-269 aa PF13246 Cation_ATPase 488-618 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771510.1 Pfam PF00690 Cation_ATPase_N Domain 103 169 2.9e-12 46.8 Cation transporter/ATPase, N-terminus
XP_057771510.1 Pfam PF00122 E1-E2_ATPase Domain 218 309 2.4e-12 47.3 P-type ATPase actuator domain
XP_057771510.1 Pfam PF13246 Cation_ATPase Family 488 618 1.9e-13 51.4 P-type ATPase, cytoplasmic domain N
XP_057771510.1 Pfam PF00689 Cation_ATPase_C Family 811 911 5.4e-24 85.6 Cation transporting ATPase, C-terminus
XP_057771511.1 Pfam PF00690 Cation_ATPase_N Domain 103 169 2.9e-12 46.8 Cation transporter/ATPase, N-terminus
XP_057771511.1 Pfam PF00122 E1-E2_ATPase Domain 218 269 7.9e-13 48.8 P-type ATPase actuator domain
XP_057771511.1 Pfam PF13246 Cation_ATPase Family 488 618 1.5e-13 51.6 P-type ATPase, cytoplasmic domain N

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915528.1
ATGCACCAAAGGCCCGTTTCCTTACCCGAATCCGCGCCGGAGGAAGACAGCAGCGGCGGCGTGGAGCTCGCGCCGATGCTGAGGAAGCGCCACGTGCGGTGGCAAAAGCTTTCTATAGTTCTACGCAGCAGCAGGGCCTTCTATCAAGCAAGAAAGTACCAAGATGCATTCTTCACGACGTTTTCACGCTCCCCTTCTTACACAACAATTGATGTGGAAGAAGAGCAAGAAAGCTTCTCGAGGATCGACGTAGCGAGGCT...
XM_057915527.1
ATGCACCAAAGGCCCGTTTCCTTACCCGAATCCGCGCCGGAGGAAGACAGCAGCGGCGGCGTGGAGCTCGCGCCGATGCTGAGGAAGCGCCACGTGCGGTGGCAAAAGCTTTCTATAGTTCTACGCAGCAGCAGGGCCTTCTATCAAGCAAGAAAGTACCAAGATGCATTCTTCACGACGTTTTCACGCTCCCCTTCTTACACAACAATTGATGTGGAAGAAGAGCAAGAAAGCTTCTCGAGGATCGACGTAGCGAGGCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130991360
ATGCACCAAAGGCCCGTTTCCTTACCCGAATCCGCGCCGGAGGAAGACAGCAGCGGCGGCGTGGAGCTCGCGCCGATGCTGAGGAAGCGCCACGTGCGGTGGCAAAAGCTTTCTATAGTTCTACGCAGCAGCAGGGCCTTCTATCAAGCAAGAAAGTACCAAGATGCATTCTTCACGACGTTTTCACGCTCCCCTTCTTACACAACAATTGATGTGGAAGAAGAGCAAGAAAGCTTCTCGAGGATCGACGTAGCGAGGCT...
LOC130991360
ATGCACCAAAGGCCCGTTTCCTTACCCGAATCCGCGCCGGAGGAAGACAGCAGCGGCGGCGTGGAGCTCGCGCCGATGCTGAGGAAGCGCCACGTGCGGTGGCAAAAGCTTTCTATAGTTCTACGCAGCAGCAGGGCCTTCTATCAAGCAAGAAAGTACCAAGATGCATTCTTCACGACGTTTTCACGCTCCCCTTCTTACACAACAATTGATGTGGAAGAAGAGCAAGAAAGCTTCTCGAGGATCGACGTAGCGAGGCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057771510.1
MHQRPVSLPESAPEEDSSGGVELAPMLRKRHVRWQKLSIVLRSSRAFYQARKYQDAFFTTFSRSPSYTTIDVEEEQESFSRIDVARLSKLVRERNHEQLARFGGVRGLASELKTDVDKGIESEAEAVSLRRRTFGPNTIQMPSPKMLRIVLESFKDPILVVLFLAASLSMGFGIRKGLNGVIDGLSIYVSILLVVAAISFSNIWPTRQLHTLSKSNILTDTTTLVIRDETEQQIPANEAVVGDLIHLQIGDQVPADGLYI...
XP_057771511.1
MHQRPVSLPESAPEEDSSGGVELAPMLRKRHVRWQKLSIVLRSSRAFYQARKYQDAFFTTFSRSPSYTTIDVEEEQESFSRIDVARLSKLVRERNHEQLARFGGVRGLASELKTDVDKGIESEAEAVSLRRRTFGPNTIQMPSPKMLRIVLESFKDPILVVLFLAASLSMGFGIRKGLNGVIDGLSIYVSILLVVAAISFSNIWPTRQLHTLSKSNILTDTTTLVIRDETEQQIPANEAVVGDLIHLQIGDQVPADGLYI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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