Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000171`

染色体: Chr07 坐标: 1069167-1072661 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000171`
名称	SmilChr07G000171
描述	putative calcium-transporting ATPase 13, plasma membrane-type
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	1069167 - 1072661 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991363`
GeneID	`130991363`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991363`
原始查询	`SmilChr07G000171`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative calcium-transporting ATPase 13, plasma membrane-type
产物	putative calcium-transporting ATPase 13%2C plasma membrane-type
Arabidopsis	`AT3G22910` (AT3G22910) ATPase E1-E2 type family protein / haloacid dehalogenase-like hydrolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821863] identity=66; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os10g0418100` (ACA8) - identity=60.1; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005388 (P-type calcium transporter activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle); GO:0070588 (calcium ion transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00122 (E1-E2_ATPase); PF00689 (Cation_ATPase_C); PF00690 (Cation_ATPase_N); PF00702 (Hydrolase); PF13246 (Cation_ATPase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991363

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057771515.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057771515.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057771515.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771515.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771515.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:1069325`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	A15,B3,B4,B54,C12,C15,C21,C42
`Chr7:1069391`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B114,B44,B58,C74
`Chr7:1069476`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr7:1069488`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr7:1069577`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B82
`Chr7:1069577`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B82
`Chr7:1069592`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	A22
`Chr7:1069592`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	A22
`Chr7:1069594`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B93,C2,C68
`Chr7:1069594`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B93,C2,C68
`Chr7:1069638`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B5,C63,C8
`Chr7:1069668`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,B12,B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771515.1

1015 aa

508

1015

Cation_ATPase_N

E1-E2_ATPase

Hydrolase

Cation_ATPase

Cation_ATPase_C

PF00690 Cation_ATPase_N 95-160 aa PF00122 E1-E2_ATPase 214-310 aa PF00702 Hydrolase 434-753 aa PF13246 Cation_ATPase 472-642 aa PF00689 Cation_ATPase_C 824-994 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771515.1`	Pfam	`PF00690`	Cation_ATPase_N	Domain	95	160	3.4e-12	46.5	Cation transporter/ATPase, N-terminus
`XP_057771515.1`	Pfam	`PF00122`	E1-E2_ATPase	Domain	214	310	6.7e-24	84.3	P-type ATPase actuator domain
`XP_057771515.1`	Pfam	`PF00702`	Hydrolase	Domain	434	753	1e-14	56.1	haloacid dehalogenase-like hydrolase
`XP_057771515.1`	Pfam	`PF13246`	Cation_ATPase	Family	472	642	1.5e-28	100.5	P-type ATPase, cytoplasmic domain N
`XP_057771515.1`	Pfam	`PF00689`	Cation_ATPase_C	Family	824	994	7.3e-46	156.8	Cation transporting ATPase, C-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915532.1
CCATACTTCACTTCCAATTCACAGCTTGAATCTCTTCAAGTCTTAATACATATATCTCTCTCTCTCATCAACAAGCATTAATTTTTCGGAAAAACTAAGAATGTCTGCAATCATTCACACAACCCCACCATGCATGGAGCTGCTGCTGCTGTCCGATCATCTCCATGCATCCGTCAATCTCAACAGAAAGCGGTGGCGCAAGGCCTTCGCCGCCGTCTACTGCTCCCGAGCCTTCCTCAAACACTTCCCATTATCAACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991363
ATGTCTGCAATCATTCACACAACCCCACCATGCATGGAGCTGCTGCTGCTGTCCGATCATCTCCATGCATCCGTCAATCTCAACAGAAAGCGGTGGCGCAAGGCCTTCGCCGCCGTCTACTGCTCCCGAGCCTTCCTCAAACACTTCCCATTATCAACAATCGCCATTGATGTCGTCGATCACGCTCACAATCATGATCATCATTTCCCCGGCCTCAATCGCTCAGCCCTCAACCACCTCGTCAAGAACAAAAACCGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771515.1
MSAIIHTTPPCMELLLLSDHLHASVNLNRKRWRKAFAAVYCSRAFLKHFPLSTIAIDVVDHAHNHDHHFPGLNRSALNHLVKNKNRRHLSELGGSRGVAASLETDPHLGITGDQRDLAARHEAFGKNTYPSPPAKTLLHFTLEALKDPTILILLACAALSLGFGIKENGPKEGWYDGGSIFVAVFLVVAVSAASNFKQSRQFDKLSEVSSNILVQVVRNGRRQEVSIHDVVVGDVVVLNIGDQVPADGLFLEGHSLQVDE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器