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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000175

染色体: Chr07 坐标: 1101330-1105769 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000175
名称SmilChr07G000175
描述uncharacterized SmilChr07G000175
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1101330 - 1105769 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993014
GeneID130993014
locus_tag-
NCBI NameLOC130993014
原始查询SmilChr07G000175

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834593]; symbol=AT5G45570; hit=AT5G45570; species=arabidopsis; confidence=weak
产物Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834593]; symbol=AT5G45570; hit=AT5G45570; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT5G45570 (AT5G45570)
Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834593]
identity=27.2; qcov=0.222; evalue=6.13e-09; confidence=weak
Rice-
-
GOGO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG-
PfamPF02902 (Peptidase_C48); PF09331 (DUF1985)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993014

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773718.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057773718.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773718.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773718.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773718.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:1102566 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr7:1102619 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,C53
Chr7:1104642 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr7:1104680 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B78
Chr7:1104680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr7:1104695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr7:1105155 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:1105521 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 43 A1,A18,B108,B111,B117,B119,B12,B122,B130,B139,B16,B2,B20,B27,B3,B30,B4,B41,B48,B49,B56,B57,B58,B64,B69,B7,B72,B74,B95,C17,C30,C38,C4,C46,C50,C51,C52,C64,C66,C72,C75,C77,D5
Chr7:1105544 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr7:1105591 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,C3,C46,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773718.1
1046 aa
N
1
523
1046
DUF1985
Peptidase_C48
C
PF09331 DUF1985 100-232 aa PF02902 Peptidase_C48 815-1030 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773718.1 Pfam PF09331 DUF1985 Family 100 232 2e-11 44.7 Domain of unknown function (DUF1985)
XP_057773718.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 815 1030 1.1e-16 62.0 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917735.1
GAGTTTTTAAATACCAAAAATTAAAAAAGATAACTCTTTTAGCCTCAACTTAAAAACAACTCTTTTGTATACCAAAATCAGTTAAAAGACTAAAATACCCTTACATTATATCATTAAAGAAAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAAGTCATCGGCCCCTCCTCTCTCCTCCCTCCACCCCCAAATTCAAATTCTCTCTCTCTCTCCCAACTCACGACACGCTCACGACCGGCGCCACCTCACGATCGAATTCCAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993014
ATGGGCGACCGCGACCGGAACGACGACGACTCGGTGTCGGCGACAAGCTCCGAAGAGGAGGAGCGTCTCGCACATCCTACTCCTCCGATTAATTGTGATTGGAAAAGGCCTACATTGATCTACGTGACCCGTGGAGTTAATCTTTATATGAGGACCGATATATTGAAGGAGGTCAAGAATGTTTTACTTGATAAAGGCGGTCCGTTGGCTCTAGAGAGATTTAAAGAAGGCGTAGTAGGACGGTTGATTGATATCAAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773718.1
MGDRDRNDDDSVSATSSEEEERLAHPTPPINCDWKRPTLIYVTRGVNLYMRTDILKEVKNVLLDKGGPLALERFKEGVVGRLIDIKRNHSASNALHHLLARQLKGSDIPCDESWFQVGGQTIRFRPTEYALVTGLHFGNSDFDPYAKHKPPRNGIFNRFFNGVSTKVHVLRKRFNEKSLGKDVEDYLKAANLLVYYLFLLCRDNPVIEDWAWTLVEDFERWDAFPWGSYTYGALSYYIDTVGIAPDQAEKDYHFYGPVWA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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