当前解析结果
SmilChr07G000176| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000176 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000176 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G000176 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 1107125 - 1108059 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130991367 |
|---|---|
| GeneID | 130991367 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991367 |
| 原始查询 | SmilChr07G000176 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF12776 (Myb_DNA-bind_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991367 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057771521.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057771521.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771521.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771521.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771521.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:1107232 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A7,B78,C23,D3 |
Chr7:1107242 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C2 |
Chr7:1107336 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 47 | A14,A2,A25,A7,A9,B1,B104,B109,B118,B129,B137,B139,B20,B24,B28,B35,B36,B4,B40,B53,B59,B6,B60,B66,B71,B75,B96,B99,C13,C17,C19,C23,C27,C56,C6,C62,C66,C67,C71,C74,C79,C8,C81,C85,C86,D10,D4 |
Chr7:1107344 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr7:1107356 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B132,B49,C27,C45 |
Chr7:1107357 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B132,B49,C27,D7 |
Chr7:1107373 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,B78 |
Chr7:1107379 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | A18,B20,B26,C34,D1,D7 |
Chr7:1107391 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B51 |
Chr7:1107417 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 4 | B20,B26,D1,D7 |
Chr7:1107417 |
G |
GA |
1bp_insertion | CDS_variant | 4 | B20,B26,D1,D7 |
Chr7:1107424 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B117,B54,C4,C50,C77 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771521.1PF12776
Myb_DNA-bind_3 24-111 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771521.1 |
Pfam | PF12776 |
Myb_DNA-bind_3 | Domain | 24 | 111 | 2.8e-05 | 25.7 | Myb/SANT-like DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。