当前解析结果
SmilChr07G000193| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000193 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000193 |
| 描述 | EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 4 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 1222957 - 1223947 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991387 |
|---|---|
| GeneID | 130991387 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991387 |
| 原始查询 | SmilChr07G000193 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 4 |
| 产物 | EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 4 |
| Arabidopsis | AT4G14723 (CLL2)EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3769880] identity=60.6; qcov=0.989; evalue=9.09e-35; confidence=medium |
| Rice | Os03g0161600- identity=60; qcov=0.947; evalue=7.86e-30; confidence=medium |
| GO | GO:0010052 (guard cell differentiation); GO:0010374 (stomatal complex development) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF17181 (EPF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991387 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057771555.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771555.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771555.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771555.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771555.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:1223125 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C43 |
Chr7:1223134 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B113,B7 |
Chr7:1223166 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B113 |
Chr7:1223471 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B11,B114,C28,C74 |
Chr7:1223521 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B108,B124,C48 |
Chr7:1223554 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B61,C13,C27,C59,C82 |
Chr7:1223605 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C53 |
Chr7:1223626 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B26,B38,B39,B67 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771555.1PF17181
EPF 45-95 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771555.1 |
Pfam | PF17181 |
EPF | Family | 45 | 95 | 4.3e-20 | 72.1 | Epidermal patterning factor proteins |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。