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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000194

染色体: Chr07 坐标: 1225502-1256230 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000194
名称SmilChr07G000194
描述uncharacterized SmilChr07G000194
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1225502 - 1256230 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991403
GeneID130991403
locus_tag-
NCBI NameLOC130991403
原始查询SmilChr07G000194

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RNA polymerase II, Rpb4, core protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836415]; symbol=AT5G62950; hit=AT5G62950; species=arabidopsis; confidence=medium
产物RNA polymerase II, Rpb4, core protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836415]; symbol=AT5G62950; hit=AT5G62950; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G62950 (AT5G62950)
RNA polymerase II, Rpb4, core protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836415]
identity=48.6; qcov=0.943; evalue=1.06e-41; confidence=medium
RiceOs12g0488800
-
identity=51.1; qcov=0.586; evalue=7.64e-27; confidence=medium
GOGO:0000166 (nucleotide binding); GO:0005666 (RNA polymerase III complex); GO:0006384 (transcription initiation at RNA polymerase III promoter)
KEGG-
PfamPF03874 (RNA_pol_Rpb4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991403

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057771596.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057771596.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057771596.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057771594.1
5 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057771594.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:1225678 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 14 A4,B10,B112,B125,B132,B134,C29,C51,C57,C59,C60,C72,C86,D7
Chr7:1225680 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 15 A4,B10,B112,B125,B132,B134,B65,C29,C51,C57,C59,C60,C72,C86,D7
Chr7:1225747 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 9 A5,A6,B1,B27,B60,B67,B69,C10,C34
Chr7:1225754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr7:1225756 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,C16,C77,C79,C82
Chr7:1225757 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr7:1225763 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C58,C78,D10
Chr7:1225765 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B137,B40,B64,D8
Chr7:1225768 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr7:1225775 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B81,C58,C78,D10
Chr7:1225784 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,C8
Chr7:1225821 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771594.1
172 aa
N
1
86
172
RNA_pol_Rpb4
C
PF03874 RNA_pol_Rpb4 10-91 aa
XP_057771595.1
172 aa
N
1
86
172
RNA_pol_Rpb4
C
PF03874 RNA_pol_Rpb4 10-91 aa
XP_057771596.1
157 aa
N
1
78
157
RNA_pol_Rpb4
C
PF03874 RNA_pol_Rpb4 10-117 aa
XP_057771597.1
157 aa
N
1
78
157
RNA_pol_Rpb4
C
PF03874 RNA_pol_Rpb4 10-117 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771594.1 Pfam PF03874 RNA_pol_Rpb4 Family 10 91 6.1e-08 33.7 RNA polymerase Rpb4
XP_057771595.1 Pfam PF03874 RNA_pol_Rpb4 Family 10 91 6.1e-08 33.7 RNA polymerase Rpb4
XP_057771596.1 Pfam PF03874 RNA_pol_Rpb4 Family 10 117 8.5e-12 46.1 RNA polymerase Rpb4
XP_057771597.1 Pfam PF03874 RNA_pol_Rpb4 Family 10 117 8.5e-12 46.1 RNA polymerase Rpb4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915614.1
AGACGCACTCTCATCTCTCTCTCTCGAACTCGGTTGCCGGCGCCGCCGCCCTCCATCCGTGCCGCAGGCCGCAGCAGCAGCTCAAGGTTGAAGCCGTTGCCCTCCAGCCGCACCACTGCCATATTTACCTGGACACCACTTGCCAGTGGCGGCGATGAAAGTAGTTGAGGCCAGTGCTGGTGCTCTCACTAATTTCGAAGTGCTTGACCTTTTGAGATCAAGAGGAGCTGGAAAGGATGCGTCTCGAGCTATTGCAACCG...
XM_057915613.1
AAAGCGCCCCACACTTCGCCTTCTCCGACCCGAGGTGAGAGAATGGCGTCGCACCGACGCGGGTCTCCAGTGCGCGGTGCGACGCAAAAAGCGTGTCGATCTGGGGCGAAAATCGCCGCATTGGAGATGCTCTAACGAAACATATTTATTTAATTTAATTCTAATTTCTATTTTATTATTCTAAATATATAATTGAGTAATTTCTAATTGGAATGGAAGCCCTAAACCCCCAATTCTAATTCAGTGAATTCACGCACAGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130991403
ATGAAAGTAGTTGAGGCCAGTGCTGGTGCTCTCACTAATTTCGAAGTGCTTGACCTTTTGAGATCAAGAGGAGCTGGAAAGGATGCGTCTCGAGCTATTGCAACCGTATCTCAATCTGAGTTCAAGGTTTTTGATTATCTAGAGGGGACTGTTGCTTGCAATCAAACAAGGGAGATTATTGATAACTTTGTTGAAGAGTGCCAAAAATTTGACCTGGCCAAGGCAGAGATTCTTAATATTGTGAATATAAGACCAAGAAG...
LOC130991403
ATGAAAGTAGTTGAGGCCAGTGCTGGTGCTCTCACTAATTTCGAAGTGCTTGACCTTTTGAGATCAAGAGGAGCTGGAAAGGATGCGTCTCGAGCTATTGCAACCGTATCTCAATCTGAGTTCAAGGTTTTTGATTATCTAGAGGGGACTGTTGCTTGCAATCAAACAAGGGAGATTATTGATAACTTTGTTGAAGAGTGCCAAAAATTTGACCTGGCCAAGGCAGAGATTCTTAATATTGTGAATATAAGACCAAGAAG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057771594.1
MKVVEASAGALTNFEVLDLLRSRGAGKDASRAIATVSQSEFKVFDYLEGTVACNQTREIIDNFVEECQKFDLAKAEILNIVNIRPRSEPELFPVISVVCCYRFRIHWSAFNPCCVVELPFVLCFLRLFASFSLKSHPHCEIYQCCLSTYVKFCNPSYVKKWWISVTLSSNTR
XP_057771595.1
MKVVEASAGALTNFEVLDLLRSRGAGKDASRAIATVSQSEFKVFDYLEGTVACNQTREIIDNFVEECQKFDLAKAEILNIVNIRPRSEPELFPVISVVCCYRFRIHWSAFNPCCVVELPFVLCFLRLFASFSLKSHPHCEIYQCCLSTYVKFCNPSYVKKWWISVTLSSNTR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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