当前解析结果
SmilChr07G000208| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000208 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000208 |
| 描述 | ribosome biogenesis protein NOP53-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 1314992 - 1317294 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991407 |
|---|---|
| GeneID | 130991407 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991407 |
| 原始查询 | SmilChr07G000208 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ribosome biogenesis protein NOP53-like |
| 产物 | ribosome biogenesis protein NOP53-like |
| Arabidopsis | AT2G40430 (AT2G40430)Nop53 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818636] identity=56.5; qcov=0.531; evalue=8.07e-19; confidence=low |
| Rice | Os05g0144200- identity=44.2; qcov=0.992; evalue=2.84e-25; confidence=medium |
| GO | GO:0000027 (ribosomal large subunit assembly); GO:0005730 (nucleolus); GO:0006364 (rRNA processing); GO:0008097 (5S rRNA binding); GO:0046982 (protein heterodimerization activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07767 (Nop53) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991407 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057771601.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057771603.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057771603.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057771605.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771602.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771601.1PF07767
Nop53 35-131 aa
XP_057771602.1PF07767
Nop53 29-125 aa
XP_057771603.1PF07767
Nop53 35-84 aa
XP_057771605.1PF07767
Nop53 29-78 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771601.1 |
Pfam | PF07767 |
Nop53 | Family | 35 | 131 | 6.9e-08 | 33.0 | Nop53 (60S ribosomal biogenesis) |
XP_057771602.1 |
Pfam | PF07767 |
Nop53 | Family | 29 | 125 | 6.6e-08 | 33.0 | Nop53 (60S ribosomal biogenesis) |
XP_057771603.1 |
Pfam | PF07767 |
Nop53 | Family | 35 | 84 | 1.3e-05 | 25.4 | Nop53 (60S ribosomal biogenesis) |
XP_057771605.1 |
Pfam | PF07767 |
Nop53 | Family | 29 | 78 | 1e-05 | 25.8 | Nop53 (60S ribosomal biogenesis) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
14 records
下载 cDNA FASTA4 records
下载 CDS FASTA4 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。