Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000227`

染色体: Chr07 坐标: 1457496-1464945 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000227`
名称	SmilChr07G000227
描述	protein NETWORKED 1A-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	1457496 - 1464945 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991424`
GeneID	`130991424`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991424`
原始查询	`SmilChr07G000227`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein NETWORKED 1A-like
产物	protein NETWORKED 1A-like
Arabidopsis	`AT3G22790` (NET1A) Kinase interacting (KIP1-like) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821850] identity=42.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
Rice	`Os03g0161100` - identity=26.5; qcov=0.84; evalue=4.48e-90; confidence=low
GO	GO:0005886 (plasma membrane); GO:0051015 (actin filament binding)
KEGG	-
Pfam	PF07765 (KIP1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991424

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoskeleton	细胞骨架	1.00000	`XP_057771623.1`
2	Phragmoplast	Phragmoplast	0.40000	`XP_057771623.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057771623.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057771623.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771623.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:1457705`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B25,B7,C42,C71,D8
`Chr7:1457755`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr7:1457779`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr7:1457854`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B133,B72
`Chr7:1457980`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B115,B140,B20,B75,C18
`Chr7:1458166`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr7:1458197`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:1458268`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,C28,C43
`Chr7:1458274`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr7:1458289`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B8
`Chr7:1458301`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:1458328`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B63,B72,C71,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771623.1

1781 aa

890

1781

KIP1

PF07765 KIP1 14-87 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771623.1`	Pfam	`PF07765`	KIP1	Family	14	87	6.4e-36	123.0	KIP1-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915640.1
AAATATGTCCGTTATCAAAATCATCTTAAATCATACTAACGCTTATTTTTCGCAATTACTATTCTTTATAAAATCTCATAATCCACACCCACAAACCATAAAGTCTTGTATAGATACACAGAAGCTGTACGTATAGTTTTGTAGTTGCTAGTGATAGGCCTTTAAAGTTTTTTCACCACACTGTCCTTTTACAGAGTATGTCACACTGACAAAGCACCAACCAAGAACCAAAGACTGATAATGCTGATGACCCTTCAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991424
ATGGCAGCCTTATCACATTCAGAATCGAGGCGTTTATATTCTTGGTGGTGGGATAGCCACAACAGCCCCAAGAACTCAAAATGGCTCCAAGACAATCTAACAGATATCGATTCCAAAGTCAAATTTATGATCAAGCTACTCGAAGAGGATGCAGACTCCTTCGCGAGGAGGGCCGAGATGTATTACAAGAAACGTCCCGAGTTGATGAAACTAGTCGAGGAATTCTACAGGGCGTATCGTGCATTAGCTGAAAGATACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771623.1
MAALSHSESRRLYSWWWDSHNSPKNSKWLQDNLTDIDSKVKFMIKLLEEDADSFARRAEMYYKKRPELMKLVEEFYRAYRALAERYNHATGELRHAHRTLAKAFPDQVPVELVEDSPSKPLSHSKEPRPPEAKLARALFGSDEGLKEDQEGGDEEDSKSIEHSRRGDADEVVELSNENQHLKDEVVKVTERAGKAESEVESLRRALADIRAEKESVLVQYQRCLAELSSVEGELSNAKDDSVELNERASRAEIEVQTLRE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器