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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000233

染色体: Chr07 坐标: 1509342-1512772 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000233
名称SmilChr07G000233
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22690
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1509342 - 1512772 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991431
GeneID130991431
locus_tag-
NCBI NameLOC130991431
原始查询SmilChr07G000233

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22690
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22690
ArabidopsisAT3G22690 (AT3G22690)
LOW protein: PPR containing-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821840]
identity=54.2; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0251500
-
identity=35.2; qcov=0.979; evalue=6.57e-163; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991431

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057771640.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057771640.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771640.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771640.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771640.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:1509807 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B44
Chr7:1509816 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B109
Chr7:1509818 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B7,B81
Chr7:1509910 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr7:1510023 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:1510083 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B37,C4,C53
Chr7:1510205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr7:1510210 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 51 A11,A14,A2,A25,B1,B101,B104,B111,B118,B122,B131,B136,B137,B21,B28,B3,B35,B36,B38,B39,B41,B47,B52,B60,B72,B73,B80,B81,B82,B83,B87,B98,C12,C17,C35,C36,C43,C47,C48,C5,C52,C53,C54,C55,C56,C59,C8,C81,C86,D6,D9
Chr7:1510223 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,A18,B82,C70
Chr7:1510378 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B113,B68,C52,C85
Chr7:1510392 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B108,B123,B131
Chr7:1510396 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771640.1
841 aa
N
1
420
841
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_1
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 103-128 aa PF01535 PPR 175-202 aa PF13041 PPR_2 200-248 aa PF01535 PPR 203-233 aa PF01535 PPR 274-302 aa PF01535 PPR 305-334 aa PF01535 PPR 378-401 aa PF12854 PPR_1 405-432 aa PF01535 PPR 407-436 aa PF13041 PPR_2 435-482 aa PF01535 PPR 438-467 aa PF13812 PPR_3 498-538 aa PF01535 PPR 510-538 aa PF13041 PPR_2 536-584 aa PF01535 PPR 540-569 aa PF13812 PPR_3 560-619 aa PF01535 PPR 574-604 aa PF12854 PPR_1 603-634 aa PF01535 PPR 609-634 aa PF20431 E_motif 653-717 aa PF14432 DYW_deaminase 749-841 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771640.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 103 128 1.8e-83 269.8 PPR repeat
XP_057771640.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 175 202 1.8e-83 269.8 PPR repeat
XP_057771640.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 200 248 4.6e-84 277.1 PPR repeat family
XP_057771640.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 203 233 1.8e-83 269.8 PPR repeat
XP_057771640.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 274 302 1.8e-83 269.8 PPR repeat
XP_057771640.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 305 334 1.8e-83 269.8 PPR repeat
XP_057771640.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 378 401 1.8e-83 269.8 PPR repeat
XP_057771640.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 405 432 5.9e-50 167.4 PPR repeat
XP_057771640.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 407 436 1.8e-83 269.8 PPR repeat
XP_057771640.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 435 482 4.6e-84 277.1 PPR repeat family
XP_057771640.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 438 467 1.8e-83 269.8 PPR repeat
XP_057771640.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 498 538 1.4e-36 125.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057771640.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 510 538 1.8e-83 269.8 PPR repeat
XP_057771640.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 536 584 4.6e-84 277.1 PPR repeat family
XP_057771640.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 540 569 1.8e-83 269.8 PPR repeat
XP_057771640.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 560 619 1.4e-36 125.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057771640.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 574 604 1.8e-83 269.8 PPR repeat
XP_057771640.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 603 634 5.9e-50 167.4 PPR repeat
XP_057771640.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 609 634 1.8e-83 269.8 PPR repeat
XP_057771640.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 653 717 7.7e-16 58.8 E motif
XP_057771640.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 749 841 1.1e-38 131.7 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915657.1
CTACTAGAAATGAATTGTTCTCTTACAACTAATACTAGCTCTAGCTAAGTTCAATATTGTACTCATCAAACCTCACCCTTCAAAGAAAAAGGAAGTAGTAAAATTGGAAAATATGGATTAAACTAAATGTTTATTTACCAATCAATTTGTGGTTATAATTATAAAGATTGAATCTTTTCATAAGCTTATATATATAAAGATTGAATCTTGTGGGAGATTCTTGCCCTGATGTTCGAATACTGAAAGATTGAAGCTTTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991431
ATGCCTTTCGCCGCCGCAATCGTCTCTCTTCCTCCGCCCACGCCAAAGATTCAAATCCTATCAGACCCCTTTTCGCCCAAATCAAATCCCACAACCGGGCATCTCAAATCTTGCAAAAATCTTCAAGAAATCAAACAAATTCATGCGCAATACACGAAGCATGGCCTCGTGGGCGACGCTTCTCTACTAACAAAACTCATCGCGAAATACTCAGAGATGGGCTCTTCTGAGAGCTTGGAGTTTGCAGAGAAAGCATTTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771640.1
MPFAAAIVSLPPPTPKIQILSDPFSPKSNPTTGHLKSCKNLQEIKQIHAQYTKHGLVGDASLLTKLIAKYSEMGSSESLEFAEKAFKMFKSSRKDRTSNITYLYNSLVRGNSLAGSYHEAISMYVDMLIDDLEPDNYTFPFVLSACAKNSSLSEARQIHGCVVKRGYRDDVFVSNSLVYCYGECGEIDSARKVFDEMSERNVVSWTSLICGFARRDRHREAVSLFFAMVGEGIEPNEVAFVSVVSACAELGDLDLGERVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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