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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000241

染色体: Chr07 坐标: 1556544-1561499 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000241
名称SmilChr07G000241
描述type IV inositol polyphosphate 5-phosphatase 7-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1556544 - 1561499 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991438
GeneID130991438
locus_tag-
NCBI NameLOC130991438
原始查询SmilChr07G000241

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述type IV inositol polyphosphate 5-phosphatase 7-like
产物type IV inositol polyphosphate 5-phosphatase 7-like
ArabidopsisAT1G05470 (CVP2)
DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837048]
identity=67.1; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0160600
-
identity=61.4; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004439 (phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity); GO:0004445 (inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity); GO:0034485 (phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity); GO:0046856 (phosphatidylinositol dephosphorylation)
KEGG-
PfamPF22669 (Exo_endo_phos2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991438

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057771652.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057771652.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771652.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771652.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771652.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:1558712 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr7:1558794 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B55,C54,C79
Chr7:1558903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr7:1558937 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B51,B97,C29
Chr7:1559030 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B99
Chr7:1559075 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr7:1559132 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B88,B89
Chr7:1559156 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B33,B88,C83
Chr7:1559189 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B26,B89,C43,D9
Chr7:1559222 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B33,B88,C83
Chr7:1559236 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr7:1559273 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771652.1
618 aa
N
1
309
618
Exo_endo_phos2
Exo_endo_phos2
C
PF22669 Exo_endo_phos2 104-169 aa PF22669 Exo_endo_phos2 345-576 aa
XP_057771653.1
618 aa
N
1
309
618
Exo_endo_phos2
Exo_endo_phos2
C
PF22669 Exo_endo_phos2 104-169 aa PF22669 Exo_endo_phos2 345-576 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771652.1 Pfam PF22669 Exo_endo_phos2 Domain 104 169 3.2e-74 250.8 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2
XP_057771652.1 Pfam PF22669 Exo_endo_phos2 Domain 345 576 3.2e-74 250.8 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2
XP_057771653.1 Pfam PF22669 Exo_endo_phos2 Domain 104 169 3.2e-74 250.8 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2
XP_057771653.1 Pfam PF22669 Exo_endo_phos2 Domain 345 576 3.2e-74 250.8 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915670.1
CCAAATGCCAAAGGGGAAACAAATATTTACTCTTTTTTACCAAATCTCTCTCCTCTCTCACTCTCTCTCTATCTCTCTCATCGCTTTTGCTGACCAGCAAGGGGCAGGTCTTCGGGCAGGTCGTTTTAGGCATTCGACTGTAGCAAAACGACGTGCCCGTTGCCCCTCCTATCATGCTGGGCCGGCATTGGGGACTGGGGGCTTGGAAAACAAAGCAACACACACACCAAGATTGGTGTGTGTGTGAGTGAGATAGGAAG...
XM_057915669.1
CCAAATGCCAAAGGGGAAACAAATATTTACTCTTTTTTACCAAATCTCTCTCCTCTCTCACTCTCTCTCTATCTCTCTCATCGCTTTTGCTGACCAGCAAGGGGCAGGTCTTCGGGCAGGTCGTTTTAGGCATTCGACTGTAGCAAAACGACGTGCCCGTTGCCCCTCCTATCATGCTGGGCCGGCATTGGGGACTGGGGGCTTGGAAAACAAAGCAACACACACACCAAGATTGGTGTGTGTGTGAGTGAGATAGGAAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130991438
ATGAAAGATGGAAATTCCAAGAAATCCAAGCTCTCATGGTCCAAGAAATTGATCAGAAAATGGTTCAATATCAAGAGCAAAAGTGAGGAGTTTCAAGCTGATGAAGCTGTTTATGCAGGTGGTGATGTTGAATGGAGGAACAGCTTTTCTGAGAGGGAACCATCTGCAGTAAAGAAAATTAAAACAGAAAAATCAGCAAAGAACATCGAGCGCTCCTTTTCCCGTTCACGTTCCCGTTCGAGGCGTGGGAGAGCCTACCT...
LOC130991438
ATGAAAGATGGAAATTCCAAGAAATCCAAGCTCTCATGGTCCAAGAAATTGATCAGAAAATGGTTCAATATCAAGAGCAAAAGTGAGGAGTTTCAAGCTGATGAAGCTGTTTATGCAGGTGGTGATGTTGAATGGAGGAACAGCTTTTCTGAGAGGGAACCATCTGCAGTAAAGAAAATTAAAACAGAAAAATCAGCAAAGAACATCGAGCGCTCCTTTTCCCGTTCACGTTCCCGTTCGAGGCGTGGGAGAGCCTACCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057771652.1
MKDGNSKKSKLSWSKKLIRKWFNIKSKSEEFQADEAVYAGGDVEWRNSFSEREPSAVKKIKTEKSAKNIERSFSRSRSRSRRGRAYLDHPQIINIQNYSLFVSTWNVGGKTPRGNLNLDDWLHSAPPADIYVLGFQEIVPLNAGNILGAEDNGPAKKWLALIKRTLNNAPGTSSGGSGRCTPSPAPDPVAEWNADFEGSSRHKASTFFPRRSFQTPQCWRMENDMSAPQPRLDRRYSVCDRAIFGHRPSDYDPRGYRPSD...
XP_057771653.1
MKDGNSKKSKLSWSKKLIRKWFNIKSKSEEFQADEAVYAGGDVEWRNSFSEREPSAVKKIKTEKSAKNIERSFSRSRSRSRRGRAYLDHPQIINIQNYSLFVSTWNVGGKTPRGNLNLDDWLHSAPPADIYVLGFQEIVPLNAGNILGAEDNGPAKKWLALIKRTLNNAPGTSSGGSGRCTPSPAPDPVAEWNADFEGSSRHKASTFFPRRSFQTPQCWRMENDMSAPQPRLDRRYSVCDRAIFGHRPSDYDPRGYRPSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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