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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000252

染色体: Chr07 坐标: 1603949-1609362 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000252
名称SmilChr07G000252
描述uncharacterized SmilChr07G000252
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1603949 - 1609362 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991449
GeneID130991449
locus_tag-
NCBI NameLOC130991449
原始查询SmilChr07G000252

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991449

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057771668.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057771668.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057771670.1
4 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057771668.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771668.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:1604268 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 10 A3,A9,B134,B5,B84,B86,B9,C36,C63,D9
Chr7:1604329 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 41 A8,B104,B107,B110,B112,B114,B119,B120,B125,B129,B130,B138,B16,B2,B29,B37,B47,B50,B67,B73,B79,B82,B91,B92,B98,C13,C17,C19,C25,C30,C34,C35,C39,C4,C43,C61,C7,C82,C85,D11,D8
Chr7:1604341 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr7:1604358 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 41 A22,A25,A3,A9,B101,B110,B111,B117,B124,B126,B129,B133,B16,B25,B27,B36,B45,B46,B48,B52,B65,B69,B72,B75,B83,B84,B86,B89,B9,C36,C47,C49,C54,C58,C69,C7,C71,C76,C78,D8,D9
Chr7:1604363 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr7:1604414 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C4,C53
Chr7:1604516 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B27,B59,B61,B90
Chr7:1604525 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B83,C86
Chr7:1604527 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C46
Chr7:1604534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr7:1608911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B54,B96,C42
Chr7:1608948 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B137,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915687.1
ATAACAAACTAAAACTCATGGAAAAATACTCCGATTCCGATATTACTCTCCGGCCACTGGAAATCTCCGATGGCGACTACGCCGTGAAATGGTACATGGACGAGAAGGTGAGGCTGGCGGCGAACGCGGTGTTCATGGACTGGGGCCACCGTGAGGCGGTGGTGGACGTGGAGAACGTGGCGTCGCAGCAGGTGATGGAGAAGGGCTGGTTTATGAGGAAGAGCGCGGATCCACCAGGGGGCTACTGCAGTATCCAGTAG...
XM_057915686.1
TCTTCTTCACTCGATCGCCGCCACTACTTTCTTTGAAAACTTAATTGAAACCTCCATTATTTCCACCATTATTTACTGGCTGCAAACTTCATTTACAAATCCCTATAAAACCTCCCTTATTCCCACCAAATTCACAACAAACTAAAACTCATGGAAAAATACTCCGATTCCGATATTACTTTCCGGCCACTGAAAATCTCCGACAGCGTCGTCTCCGTGAAATGGTACATGGACGAGAAGGTGAGGCTGGCGGCGAACGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130991449
ATGGAAAAATACTCCGATTCCGATATTACTCTCCGGCCACTGGAAATCTCCGATGGCGACTACGCCGTGAAATGGTACATGGACGAGAAGGTGAGGCTGGCGGCGAACGCGGTGTTCATGGACTGGGGCCACCGTGAGGCGGTGGTGGACGTGGAGAACGTGGCGTCGCAGCAGGTGATGGAGAAGGGCTGGTTTATGAGGAAGAGCGCGGATCCACCAGGGGGCTACTGCAGTATCCAGTAG
LOC130991449
ATGGAAAAATACTCCGATTCCGATATTACTTTCCGGCCACTGAAAATCTCCGACAGCGTCGTCTCCGTGAAATGGTACATGGACGAGAAGGTGAGGCTGGCGGCGAACGCGGTGTTCATGGACTGGGGCCACCGTGAGGCGGTGGTGGACGTGGAGAACGTGGCGTCGCAGCAGGTGATGGAGAAGGGCTGGTTTATGAGGAAGAGCGCGGATCCACCAGGGGGCTACTGCAGTATCCAGTAG

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057771668.1
MEKYSDSDITLRPLEISDGDYAVKWYMDEKVRLAANAVFMDWGHREAVVEVASQQVMEKGGFMRKSSDTGGGGGPAPTAVSSSISWFCEGRKYGFNKGDIRDMFIYSFLRNDQIGIKK
XP_057771669.1
MEKYSDSDITFRPLKISDSVVSVKWYMDEKVRLAANAVFMDWGHREAVVDVENVASQQVMEKGWFMRKSADPPGGYCSIQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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