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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000289

染色体: Chr07 坐标: 1879590-1931892 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000289
名称SmilChr07G000289
描述phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH6-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1879590 - 1931892 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991483
GeneID130991483
locus_tag-
NCBI NameLOC130991483
原始查询SmilChr07G000289

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH6-like
产物phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH6-like
ArabidopsisAT1G05370 (AT1G05370)
Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837038]
identity=59.9; qcov=1.02; evalue=4.95e-178; confidence=high
RiceOs03g0219100
-
identity=57.1; qcov=1.03; evalue=2.77e-163; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00650 (CRAL_TRIO)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991483

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057771720.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.60000 XP_057771720.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771720.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771720.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771720.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:1929006 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr7:1929009 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B113,B125,B134,B86,D8
Chr7:1929230 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,B88
Chr7:1929244 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B41,B76,C10
Chr7:1929663 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr7:1930043 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr7:1930067 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C45
Chr7:1930786 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:1930811 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr7:1930967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,C12,C27,C35
Chr7:1930979 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:1930993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B132,B42,B43,B62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771720.1
425 aa
N
1
212
425
CRAL_TRIO
C
PF00650 CRAL_TRIO 86-199 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771720.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 86 199 2.9e-22 79.9 CRAL/TRIO domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915737.1
TCACTCCATCGCTCTCACACTCACTAGGTGTAAGAAAAACACACACACACACAGCGAGAGAGAGCAGTGTTTAATTTGTTGTATTTGTGTTTCAGTTGGGAGTTTGAAATGGTTGCGTGAAGAAGAAGAGTGGTATCTTTGTGTTTTCTTGATAGATTAATTAATTCAAAAGAAAAAATATATAGAAAAACGCAGCACACACAGTGATAAACATCATCATGGGAAGGAAGGAAAGCCAGCAACCCCAGAGAGAGAAACAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991483
ATGGGAAGGAAGGAAAGCCAGCAACCCCAGAGAGAGAAACAGAGAGTTCAATCCGTCGTTGAGATTCTCAAGAAACAATCCCCTCTCACCATCAAACAGGAGAAGTTCTGCAGCAATGCCTGCGTTGAGAGGTTTCTGAAGGCGAAGGGAGAGAATGTGAAGAAAGCGGCTAAGCAAATGAGGGCTTCTCTTGCTTGGAGAGACTCCATTGGAACTGATAATTTGATAGCTGATGAGTTCTCAGCTGAGCTCGCTGAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771720.1
MGRKESQQPQREKQRVQSVVEILKKQSPLTIKQEKFCSNACVERFLKAKGENVKKAAKQMRASLAWRDSIGTDNLIADEFSAELAEGVAYVAGNDDELRPVVMFRIKQDYHKFHSQKLFTRLLVFTLEVAIQTMPKNVEQFVLLFDASFFRSASSFMNMLLATLKILGDHYPGRLHKAFVIDPPSLFSYLWKGVKPFVELSSSIAIVSSLDFEESIEFDDLSCYPRAASLRFDPSTAAKLGSCSSSRFSFTVSHHLDSLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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