当前解析结果
SmilChr07G000305| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000305 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000305 |
| 描述 | thermospermine synthase ACAULIS5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 2006736 - 2009766 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991499 |
|---|---|
| GeneID | 130991499 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991499 |
| 原始查询 | SmilChr07G000305 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | thermospermine synthase ACAULIS5-like |
| 产物 | thermospermine synthase ACAULIS5-like |
| Arabidopsis | AT5G19530 (ACL5)S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832073] identity=65; qcov=0.966; evalue=7.79e-161; confidence=high |
| Rice | Os02g0237100 (OsACL5)- identity=67.2; qcov=0.92; evalue=9.47e-158; confidence=high |
| GO | GO:0006596 (polyamine biosynthetic process); GO:0010487 (thermospermine synthase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01564 (Spermine_synth); PF17284 (Spermine_synt_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991499 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057771736.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057771736.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057771736.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057771736.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771736.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:2006998 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:2009199 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B102,B112 |
Chr7:2009288 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B44,C27 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771736.1PF17284
Spermine_synt_N 19-70 aa
PF01564
Spermine_synth 73-256 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771736.1 |
Pfam | PF17284 |
Spermine_synt_N | Domain | 19 | 70 | 3.5e-14 | 53.1 | Spermidine synthase tetramerisation domain |
XP_057771736.1 |
Pfam | PF01564 |
Spermine_synth | Domain | 73 | 256 | 6.4e-45 | 153.7 | Spermine/spermidine synthase domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。