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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000314

染色体: Chr07 坐标: 2101363-2103992 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000314
名称SmilChr07G000314
描述uncharacterized SmilChr07G000314
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2101363 - 2103992 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991510
GeneID130991510
locus_tag-
NCBI NameLOC130991510
原始查询SmilChr07G000314

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Cysteine/Histidine-rich C1 domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823998]; symbol=AT3G48400; hit=AT3G48400; species=arabidopsis; confidence=low
产物Cysteine/Histidine-rich C1 domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823998]; symbol=AT3G48400; hit=AT3G48400; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G48400 (AT3G48400)
Cysteine/Histidine-rich C1 domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823998]
identity=27.2; qcov=0.849; evalue=1.27e-35; confidence=low
RiceOs07g0611200
-
identity=28.3; qcov=0.308; evalue=3.85e-07; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF03107 (C1_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991510

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057771752.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057771752.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057771752.1
4 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057771752.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771752.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2101595 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 27 A14,A25,B103,B118,B126,B14,B16,B19,B23,B24,B33,B34,B43,B46,B6,B65,B78,B79,B8,B83,C1,C11,C33,C58,C60,C67,C87
Chr7:2101598 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 A21
Chr7:2101598 G GT 1bp_insertion CDS_variant 1 A21
Chr7:2101611 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 30 A14,A21,A25,A7,B103,B118,B126,B133,B14,B23,B24,B33,B34,B40,B43,B46,B6,B65,B66,B78,B79,B8,B83,C1,C11,C2,C33,C58,C67,C87
Chr7:2101650 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr7:2101660 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 107 A1,A10,A14,A19,A2,A21,A23,A25,A3,A4,A7,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B109,B114,B118,B122,B125,B126,B127,B129,B130,B133,B14,B16,B17,B19,B2,B20,B21,B23,B24,B25,B28,B29,B3,B33,B34,B38,B39,B40,B41,B43,B46,B47,B5,B51,B53,B6,B64,B65,B66,B67,B74,B76,B77,B79,B8,B82,B83,B86,B9,B91,B94,B95,B98,C1,C10,C11,C12,C14,C17,C2,C20,C27,C31,C33,C34,C38,C42,C43,C44,C45,C46,C5,C57,C58,C60,C65,C66,C67,C69,C7,C71,C75,C78,C8,C81,C85,C87,D11,D7,D9
Chr7:2101661 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 4 B14,B29,B78,C1
Chr7:2101661 A AC 1bp_insertion CDS_variant 4 B14,B29,B78,C1
Chr7:2101677 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 111 A1,A10,A14,A16,A19,A2,A21,A23,A25,A3,A4,A7,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B109,B111,B114,B118,B122,B125,B126,B127,B129,B130,B133,B14,B17,B2,B21,B23,B24,B25,B28,B29,B3,B33,B34,B38,B39,B40,B41,B43,B46,B47,B5,B51,B53,B6,B64,B65,B66,B67,B74,B76,B77,B79,B8,B82,B83,B86,B89,B9,B91,B94,B95,B98,C1,C10,C11,C12,C14,C17,C2,C20,C25,C27,C29,C31,C33,C34,C38,C42,C43,C44,C45,C46,C5,C58,C60,C63,C65,C66,C67,C69,C7,C71,C72,C75,C76,C78,C8,C81,C85,C87,D11,D7,D9
Chr7:2101679 C CGA 2bp_insertion frameshift_variant 103 A1,A14,A16,A19,A2,A21,A23,A25,A3,A4,A7,B102,B103,B105,B106,B107,B109,B111,B114,B118,B125,B126,B127,B129,B130,B133,B14,B17,B2,B21,B23,B24,B25,B28,B29,B3,B33,B34,B38,B39,B40,B41,B43,B46,B47,B53,B6,B64,B65,B66,B74,B76,B77,B78,B79,B8,B82,B83,B86,B89,B9,B91,B94,B95,B98,C1,C10,C11,C12,C14,C2,C20,C25,C27,C29,C31,C33,C38,C42,C43,C44,C45,C46,C5,C58,C60,C63,C66,C67,C69,C7,C71,C72,C75,C76,C78,C8,C81,C85,C87,D11,D7,D9
Chr7:2101680 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 4 A10,B122,B91,C34
Chr7:2101680 TC T 1bp_deletion CDS_variant 4 A10,B122,B91,C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771752.1
642 aa
N
1
321
642
C1_2
C1_2
C1_2
C1_2
C1_2
C
PF03107 C1_2 82-128 aa PF03107 C1_2 154-200 aa PF03107 C1_2 211-260 aa PF03107 C1_2 467-510 aa PF03107 C1_2 524-570 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771752.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 82 128 2.3e-52 175.8 C1 domain
XP_057771752.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 154 200 2.3e-52 175.8 C1 domain
XP_057771752.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 211 260 2.3e-52 175.8 C1 domain
XP_057771752.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 467 510 2.3e-52 175.8 C1 domain
XP_057771752.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 524 570 2.3e-52 175.8 C1 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915769.1
ATCCAGCATCCACATAAAAAAAAATAGTTGTAGTTGAGAAGGAAAAAATCATTCACATATACAATGAGTGTGAAAAAAAATGAGATGGAAGAAGAGAAGGAGGAGAGAGAGCTTGTTGATCATTGGAACCACGGCCATCCACTTACTTTGGTGGAAATTCATGACAAAACTGATTATTGTAATAGTTGTATAAAGTATTTTAGTAGTGGAGAGAAAGCTTACCGATGTAGCCAGGAACATGGGGGATTGCGATTCCTATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991510
ATGAGTGTGAAAAAAAATGAGATGGAAGAAGAGAAGGAGGAGAGAGAGCTTGTTGATCATTGGAACCACGGCCATCCACTTACTTTGGTGGAAATTCATGACAAAACTGATTATTGTAATAGTTGTATAAAGTATTTTAGTAGTGGAGAGAAAGCTTACCGATGTAGCCAGGAACATGGGGGATTGCGATTCCTATTACACCAAGAATGTGCAGGACTGCCGAGGAAGATTAAACACGCAATGCACCCACACCACATACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771752.1
MSVKKNEMEEEKEERELVDHWNHGHPLTLVEIHDKTDYCNSCIKYFSSGEKAYRCSQEHGGLRFLLHQECAGLPRKIKHAMHPHHILTQVFVDRLEKSKSCALCKDIVTGMFYVCARAGCIFAMHIRCTLGSGVIDAAEDEDDDGQSGGIIDHPSHPRHRLRFVRRRCSFMCDACGTTHEGRSYMCCRANCQYWIHERCASLPQTIEREDHHHSLSLSFHVPPLYLKYNYRCDVCSKYLLPRYWIYHCQLCSYVVHLKCA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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