当前解析结果
SmilChr07G000315| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000315 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000315 |
| 描述 | sugar transport protein 8-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 2104289 - 2107209 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130991511 |
|---|---|
| GeneID | 130991511 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991511 |
| 原始查询 | SmilChr07G000315 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | sugar transport protein 8-like |
| 产物 | sugar transport protein 8-like |
| Arabidopsis | AT5G26250 (AT5G26250)Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832694] identity=63.8; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0218400 (OsMST4)- identity=58.6; qcov=0.98; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0015145 (monosaccharide transmembrane transporter activity); GO:0015749 (monosaccharide transmembrane transport); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991511 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057771753.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771753.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771753.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771753.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771753.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:2104588 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr7:2104617 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B60,D11 |
Chr7:2104749 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B129,B28,C85,D9 |
Chr7:2104821 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B112 |
Chr7:2105276 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B60 |
Chr7:2105300 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A19,B123,B44 |
Chr7:2105303 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B129,C85,D9 |
Chr7:2105339 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C1 |
Chr7:2105345 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B129,B53,C85 |
Chr7:2105438 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B74,C85 |
Chr7:2105453 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B74,C85 |
Chr7:2105465 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B74,C85 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771753.1PF00083
Sugar_tr 28-481 aa
PF07690
MFS_1 76-434 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771753.1 |
Pfam | PF00083 |
Sugar_tr | Family | 28 | 481 | 1.4e-117 | 394.1 | Sugar (and other) transporter |
XP_057771753.1 |
Pfam | PF07690 |
MFS_1 | Family | 76 | 434 | 4.6e-29 | 102.2 | Major Facilitator Superfamily |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。