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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000321

染色体: Chr07 坐标: 2166109-2167200 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000321
名称SmilChr07G000321
描述uncharacterized SmilChr07G000321
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2166109 - 2167200 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991518
GeneID130991518
locus_tag-
NCBI NameLOC130991518
原始查询SmilChr07G000321

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819769]; symbol=AT3G05980; hit=AT3G05980; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819769]; symbol=AT3G05980; hit=AT3G05980; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G05980 (AT3G05980)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819769]
identity=43.2; qcov=0.829; evalue=7.52e-39; confidence=medium
RiceOs06g0675200
-
identity=32; qcov=0.377; evalue=1.49e-06; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991518

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057771761.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057771761.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057771761.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771761.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771761.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2166264 T TGG 2bp_insertion frameshift_variant 3 B138,C33,C46
Chr7:2166264 T TGG 2bp_insertion CDS_variant 3 B138,C33,C46
Chr7:2166312 T TCC 2bp_insertion frameshift_variant 2 B2,C1
Chr7:2166312 T TCC 2bp_insertion CDS_variant 2 B2,C1
Chr7:2166334 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 89 A1,A11,A19,A21,A22,A23,A24,A6,A8,B1,B101,B102,B103,B105,B108,B109,B111,B118,B12,B124,B127,B129,B132,B135,B137,B138,B139,B19,B25,B29,B32,B38,B39,B41,B42,B43,B44,B51,B52,B54,B56,B57,B58,B62,B63,B66,B72,B77,B78,B8,B80,B82,B87,B89,B93,B96,C10,C12,C16,C17,C20,C27,C32,C33,C37,C45,C46,C48,C5,C54,C55,C60,C63,C64,C66,C68,C71,C77,C79,C80,C83,C84,C85,C86,D3,D4,D5,D6,D7
Chr7:2166340 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 87 A10,A14,A18,A19,A2,A20,A3,A5,A6,A7,B100,B106,B113,B115,B119,B120,B123,B125,B129,B134,B137,B15,B2,B20,B24,B26,B27,B28,B3,B31,B33,B34,B35,B37,B38,B39,B4,B45,B49,B5,B52,B53,B59,B60,B61,B64,B66,B67,B71,B72,B75,B76,B79,B8,B81,B82,B84,B85,B86,B91,B94,B95,C15,C19,C2,C23,C28,C29,C31,C37,C4,C50,C52,C56,C58,C62,C65,C7,C71,C72,C79,C8,C83,C87,D2,D7,D9
Chr7:2166396 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C77,C86
Chr7:2166400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B132,B19,B42,B43,B62
Chr7:2166472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:2166516 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,C41
Chr7:2166685 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr7:2166689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B127,B8,C78,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915778.1
TTGTCTTGACTTCATCAGACCATTATATGCTTCAATACTGTCATTGCCCTAAAACTTATACTACTATTACCACAAACACAAAACTACATAAAACAAAATTATAGGACAAGTAAAAAAGGAGTTAAACACCATATCTCCCACTCTTTATATACTCATGCACAACCCATGTTTCCACCACTTGTGCCTCTCAAACCACCACCAACTCCGTAATTCTTACATCCTCCAATTTTTTCAGATGATCTCCGCGGAGCCCCTCCACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991518
ATGCACAACCCATGTTTCCACCACTTGTGCCTCTCAAACCACCACCAACTCCGTAATTCTTACATCCTCCAATTTTTTCAGATGATCTCCGCGGAGCCCCTCCACTCCCGCTCCGACTCCGACGAGTTGGGGTCCAGCGCCCGGATATCCTTCTCGTCGGAGTTTCTCGACGAGAGCAACTTCATCACCATATGCCCCAACCCCGAGGCGGAGCGGGAGGAGCAGGAGGCCGCGGAGCGGGGGCGGGCCCCGCGGCCGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771761.1
MHNPCFHHLCLSNHHQLRNSYILQFFQMISAEPLHSRSDSDELGSSARISFSSEFLDESNFITICPNPEAEREEQEAAERGRAPRPGVDFEFLSGNLTSMIAADELFSEGKLRPFWQIHRAEKLDRISAKPEGSGEAVVGFEPGKKDHEESRVRWFVDDDPSPRPPKCTVLWKELLKLKKQRPSTLTPSSSSSSSSSSSRAEARGEAGRSSEKCSKRMKKEKTRSVSIRIRPVLNVPICTQAKNAALPPLFSLRKGR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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