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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000340

染色体: Chr07 坐标: 2310107-2312422 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000340
名称SmilChr07G000340
描述probable aquaporin NIP7-1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2310107 - 2312422 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991540
GeneID130991540
locus_tag-
NCBI NameLOC130991540
原始查询SmilChr07G000340

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable aquaporin NIP7-1
产物probable aquaporin NIP7-1
ArabidopsisAT3G06100 (NIP7;1)
NOD26-like intrinsic protein 7;1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819783]
identity=49.3; qcov=0.769; evalue=4.4e-52; confidence=high
RiceOs02g0745100 (LSI1)
-
identity=34.3; qcov=0.652; evalue=6.19e-25; confidence=low
GOGO:0015267 (channel activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00230 (MIP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991540

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057771797.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057771798.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057771797.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057771798.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771797.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2310407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr7:2310431 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,C82
Chr7:2311648 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63
Chr7:2311659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr7:2311690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr7:2311756 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B131,C27,C82
Chr7:2311789 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr7:2311919 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B131,B35,B99
Chr7:2311939 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr7:2312062 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr7:2312342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771797.1
272 aa
N
1
136
272
MIP
C
PF00230 MIP 35-245 aa
XP_057771798.1
264 aa
N
1
132
264
MIP
C
PF00230 MIP 35-202 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771797.1 Pfam PF00230 MIP Family 35 245 3.9e-43 148.5 Major intrinsic protein
XP_057771798.1 Pfam PF00230 MIP Family 35 202 1.1e-23 84.9 Major intrinsic protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915815.1
AAAATACAGATGCTATTCTGTTCTAGACCGTCTTCGTGATAAAAATGCCCCCAACCGATGTCTCGACAGCCACTCAGATCCCCGATCACGATCACAATCACGATCAAGTCTATTTCGAGATTCTCAACAAACACAATGTGATAGATCTTAGCCTTCTCCGAATGGTCGCGGCCGAGGCCGTGGGCACGTTCGTGTTGATGTTCTGCATTAGCGGGATAATCGGAAACCTGCATTCCATGGGGATTCAAACAGGACTAATG...
XM_057915814.1
AAAATACAGATGCTATTCTGTTCTAGACCGTCTTCGTGATAAAAATGCCCCCAACCGATGTCTCGACAGCCACTCAGATCCCCGATCACGATCACAATCACGATCAAGTCTATTTCGAGATTCTCAACAAACACAATGTGATAGATCTTAGCCTTCTCCGAATGGTCGCGGCCGAGGCCGTGGGCACGTTCGTGTTGATGTTCTGCATTAGCGGGATAATCGGAAACCTGCATTCCATGGGGATTCAAACAGGACTAATG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130991540
ATGCCCCCAACCGATGTCTCGACAGCCACTCAGATCCCCGATCACGATCACAATCACGATCAAGTCTATTTCGAGATTCTCAACAAACACAATGTGATAGATCTTAGCCTTCTCCGAATGGTCGCGGCCGAGGCCGTGGGCACGTTCGTGTTGATGTTCTGCATTAGCGGGATAATCGGAAACCTGCATTCCATGGGGATTCAAACAGGACTAATGGAATATGCGGCGACGGCAGGTCTGACAGTGGTGGTCCTAGTTTT...
LOC130991540
ATGCCCCCAACCGATGTCTCGACAGCCACTCAGATCCCCGATCACGATCACAATCACGATCAAGTCTATTTCGAGATTCTCAACAAACACAATGTGATAGATCTTAGCCTTCTCCGAATGGTCGCGGCCGAGGCCGTGGGCACGTTCGTGTTGATGTTCTGCATTAGCGGGATAATCGGAAACCTGCATTCCATGGGGATTCAAACAGGACTAATGGAATATGCGGCGACGGCAGGTCTGACAGTGGTGGTCCTAGTTTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057771797.1
MPPTDVSTATQIPDHDHNHDQVYFEILNKHNVIDLSLLRMVAAEAVGTFVLMFCISGIIGNLHSMGIQTGLMEYAATAGLTVVVLVFSIGPISGAHINPAVTIAFAAAGPFPWSKVPLYIAAQVGGSVLATYAGQFVYGIKPELMLTTPLNNGWINAFLVELVATFIVLFMTTSLFNQLQSIKCVSGFIAGGAICLGVLISGPVSGGSMNPARSLGPALVSRTFDNLWVYLIAPTLGAIAGVVVYRAIRLQGWSCDVILS...
XP_057771798.1
MPPTDVSTATQIPDHDHNHDQVYFEILNKHNVIDLSLLRMVAAEAVGTFVLMFCISGIIGNLHSMGIQTGLMEYAATAGLTVVVLVFSIGPISGAHINPAVTIAFAAAGPFPWSKVPLYIAAQVGGSVLATYAGQFVYGIKPELMLTTPLNNGWINAFLVELVATFIVLFMTTSLFNQLQSIKCVSGFIAGGAICLGVLISGRIDESSKITRTSTCFTDIRQLVGISYSPDARSHRRSRRLSCHTPPRLVVRCHSVAADH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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