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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000362

染色体: Chr07 坐标: 2481182-2483742 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000362
名称SmilChr07G000362
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g19020, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2481182 - 2483742 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991564
GeneID130991564
locus_tag-
NCBI NameLOC130991564
原始查询SmilChr07G000362

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g19020, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g19020%2C mitochondrial
ArabidopsisAT5G19020 (MEF18)
mitochondrial editing factor 18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832021]
identity=52.1; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0390600
-
identity=46.9; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991564

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057771835.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771835.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771835.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771835.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771835.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2481384 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr7:2481531 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr7:2481582 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr7:2481587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr7:2481593 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B12
Chr7:2481593 TGG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B12
Chr7:2481666 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr7:2481852 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr7:2481948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:2482041 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B131,B139
Chr7:2482149 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C42,D10
Chr7:2482314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771835.1
667 aa
N
1
334
667
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 63-83 aa PF01535 PPR 91-121 aa PF13041 PPR_2 120-168 aa PF01535 PPR 122-152 aa PF01535 PPR 224-247 aa PF13041 PPR_2 252-290 aa PF01535 PPR 255-282 aa PF01535 PPR 357-385 aa PF12854 PPR_1 384-413 aa PF13812 PPR_3 384-428 aa PF13041 PPR_2 384-430 aa PF01535 PPR 387-417 aa PF23276 TPR_24 389-481 aa PF01535 PPR 461-483 aa PF13812 PPR_3 488-534 aa PF13041 PPR_2 488-536 aa PF01535 PPR 492-519 aa PF12854 PPR_1 555-586 aa PF01535 PPR 563-587 aa PF20431 E_motif 605-666 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771835.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 63 83 3.4e-74 240.8 PPR repeat
XP_057771835.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 91 121 3.4e-74 240.8 PPR repeat
XP_057771835.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 120 168 9.3e-79 260.1 PPR repeat family
XP_057771835.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 122 152 3.4e-74 240.8 PPR repeat
XP_057771835.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 224 247 3.4e-74 240.8 PPR repeat
XP_057771835.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 252 290 9.3e-79 260.1 PPR repeat family
XP_057771835.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 255 282 3.4e-74 240.8 PPR repeat
XP_057771835.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 357 385 3.4e-74 240.8 PPR repeat
XP_057771835.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 384 413 1.2e-56 188.8 PPR repeat
XP_057771835.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 384 428 8.8e-24 84.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057771835.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 384 430 9.3e-79 260.1 PPR repeat family
XP_057771835.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 387 417 3.4e-74 240.8 PPR repeat
XP_057771835.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 389 481 4.6e-20 72.6 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057771835.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 461 483 3.4e-74 240.8 PPR repeat
XP_057771835.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 488 534 8.8e-24 84.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057771835.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 488 536 9.3e-79 260.1 PPR repeat family
XP_057771835.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 492 519 3.4e-74 240.8 PPR repeat
XP_057771835.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 555 586 1.2e-56 188.8 PPR repeat
XP_057771835.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 563 587 3.4e-74 240.8 PPR repeat
XP_057771835.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 605 666 2.1e-12 47.8 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915852.1
TTACTATAATTATTCGATTAAATATTTAGAAACTCCACAAAAAGTGCTGTTTTTCACACAAATCTTCAAATTCTTCGTGGGTGCTGATTCCATCAAAAAATGATCTTTGCCGTTACACCCAAAATCCCACCTTTCCTTCAAAACTTCTAATGGCTCTCTCCACAGTTTCCCTTCATTCCATCCAAACCCTTCTCAAGAACCGCGCAGCTTCTTTAGAATTCTCGCTAGTTTCGGCGCTCAAATCCATCTCATCTTCCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991564
ATGGCTCTCTCCACAGTTTCCCTTCATTCCATCCAAACCCTTCTCAAGAACCGCGCAGCTTCTTTAGAATTCTCGCTAGTTTCGGCGCTCAAATCCATCTCATCTTCCCCTTCATTAATCTCCTACGGCCAGCAACTGCATTGCCTCGTGCTAAAATCAGGGCTCAATTTCAATGTCTTCATACAAAACAGCTTGATCAGCATGTACTCCAAAACCGGGATGTTCTCGTGCGCGAGATCGATTTTCGAAAGCTCCCCGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771835.1
MALSTVSLHSIQTLLKNRAASLEFSLVSALKSISSSPSLISYGQQLHCLVLKSGLNFNVFIQNSLISMYSKTGMFSCARSIFESSPKLDYVSFNIMLAGYVKHSRLGDAHKLFAKMPLRNCVSYTTMIMGFAKNECYGDAIALFREMRLLGVVPGEVTMSSVLSSYARADGTRTNAMLLHGLVAKLGLDTRVIVSTNLVLLYSVGSSLDDARIIFDSMVDRTVVSWNVMLNGYVKGGLLDLARGMFEWIPGKDVVSWGTM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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