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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000364

染色体: Chr07 坐标: 2498015-2500329 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000364
名称SmilChr07G000364
描述endo-1,3;1,4-beta-D-glucanase-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2498015 - 2500329 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991565
GeneID130991565
locus_tag-
NCBI NameLOC130991565
原始查询SmilChr07G000364

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述endo-1,3;1,4-beta-D-glucanase-like
产物endo-1%2C3%3B1%2C4-beta-D-glucanase-like
ArabidopsisAT3G23570 (AT3G23570)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821936]
identity=52.7; qcov=1; evalue=7.24e-92; confidence=high
RiceOs05g0399100
-
identity=50.4; qcov=1.01; evalue=1.07e-87; confidence=high
GOGO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG-
PfamPF01738 (DLH)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991565

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057771836.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057771836.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771836.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771836.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771836.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2499098 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr7:2499102 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:2499143 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr7:2499157 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:2499179 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:2499568 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B112,B5,C46
Chr7:2499604 CAA C 2bp_deletion frameshift_variant 17 A1,B109,B111,B121,B3,B30,B37,B38,B39,B46,B53,C17,C5,C58,C61,C63,C8
Chr7:2499848 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B112,B5,C46
Chr7:2499921 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B98
Chr7:2500040 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr7:2500057 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,C43,C87,C9
Chr7:2500072 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771836.1
238 aa
N
1
119
238
DLH
C
PF01738 DLH 29-233 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771836.1 Pfam PF01738 DLH Domain 29 233 3.3e-30 106.0 Dienelactone hydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915853.1
TTCTTCATAAATCCCCAATTATTAATCTTAAAACATACTAAAATTAGAAAAAAGGAGAGCAAAATGTTGGGGCCTCACTGCACAGAAAATCCCCCAAGTCTGAGCTCAACAAGTGGAGCAGGAAATATTGAAGAAATTGGAGGCCTTCAAACTTATGTAACAGGAGATCAACATTCCAAGCTTGCTATTCTTCTAGCTGCTGATGCATTTGGGTATGAAGCTCCAAAGTTGAGGAGCCTAGCTGACAAAATTGCAGCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991565
ATGTTGGGGCCTCACTGCACAGAAAATCCCCCAAGTCTGAGCTCAACAAGTGGAGCAGGAAATATTGAAGAAATTGGAGGCCTTCAAACTTATGTAACAGGAGATCAACATTCCAAGCTTGCTATTCTTCTAGCTGCTGATGCATTTGGGTATGAAGCTCCAAAGTTGAGGAGCCTAGCTGACAAAATTGCAGCTCTAGGTTTCTTAGTTGTGGTTCCCGACTTCTTCAATGGCGATCCATTCAGCTTTGAGAAGCCCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771836.1
MLGPHCTENPPSLSSTSGAGNIEEIGGLQTYVTGDQHSKLAILLAADAFGYEAPKLRSLADKIAALGFLVVVPDFFNGDPFSFEKPREAWLAAHTPDKGCEDAKNVVASLRSRGVAKVGAAGFCWGGMVVVRLAKFDCIDAAVLLHPGPITQEQINEVKCPIAMLGAEIDNYAPPEMLKQLGEILEAKAEVDSFVKIFPGVGHGWSVRYDDNDEFAVKSAQESHVDLINWLTKYIKFE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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