当前解析结果
SmilChr07G000367| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000367 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000367 |
| 描述 | endo-1,3;1,4-beta-D-glucanase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 2509843 - 2512099 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991568 |
|---|---|
| GeneID | 130991568 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991568 |
| 原始查询 | SmilChr07G000367 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | endo-1,3;1,4-beta-D-glucanase-like |
| 产物 | endo-1%2C3%3B1%2C4-beta-D-glucanase-like |
| Arabidopsis | AT3G23600 (AT3G23600)alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821939] identity=63.9; qcov=1; evalue=7.64e-115; confidence=high |
| Rice | Os05g0399100- identity=63.8; qcov=1.01; evalue=9.52e-115; confidence=high |
| GO | GO:0016787 (hydrolase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01738 (DLH) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991568 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057771839.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057771839.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771839.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771839.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771839.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:2510207 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C50 |
Chr7:2510220 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B28,B80 |
Chr7:2511742 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B15 |
Chr7:2511743 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B2,C78 |
Chr7:2511761 |
TAC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 11 | B138,B33,B41,B44,C10,C43,C46,C48,C87,C9,D4 |
Chr7:2511770 |
T |
TAC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 27 | A1,A3,A8,B111,B115,B121,B137,B20,B3,B30,B39,B46,B51,B52,B53,B57,B59,B86,C17,C19,C5,C58,C61,C63,C65,C8,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771839.1PF01738
DLH 30-189 aa
XP_057771840.1PF01738
DLH 30-236 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771839.1 |
Pfam | PF01738 |
DLH | Domain | 30 | 189 | 2.5e-27 | 96.6 | Dienelactone hydrolase family |
XP_057771840.1 |
Pfam | PF01738 |
DLH | Domain | 30 | 236 | 1.8e-30 | 106.9 | Dienelactone hydrolase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。