当前解析结果
SmilChr07G000375| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000375 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000375 |
| 描述 | membrane protein PM19L |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 2549774 - 2551238 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991580 |
|---|---|
| GeneID | 130991580 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991580 |
| 原始查询 | SmilChr07G000375 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | membrane protein PM19L |
| 产物 | membrane protein PM19L |
| Arabidopsis | AT5G18970 (AT5G18970)AWPM-19-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832015] identity=66; qcov=0.839; evalue=9.99e-68; confidence=high |
| Rice | Os01g0247900- identity=40.9; qcov=0.737; evalue=1.79e-31; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05512 (AWPM-19) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991580 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057771852.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771852.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771852.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771852.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771852.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:2549847 |
TG |
* |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B123,C23 |
Chr7:2549907 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 45 | A10,A22,A23,B106,B120,B122,B124,B13,B131,B132,B17,B19,B41,B42,B43,B50,B59,B60,B62,B68,B71,B76,B8,B93,B95,B97,B98,B99,C10,C11,C2,C24,C25,C30,C41,C43,C52,C55,C60,C69,C75,C86,C87,C9,D6 |
Chr7:2550004 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771852.1PF05512
AWPM-19 42-182 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771852.1 |
Pfam | PF05512 |
AWPM-19 | Family | 42 | 182 | 3.7e-51 | 173.7 | AWPM-19-like family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。