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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000376

染色体: Chr07 坐标: 2551540-2556915 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000376
名称SmilChr07G000376
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 7-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2551540 - 2556915 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991577
GeneID130991577
locus_tag-
NCBI NameLOC130991577
原始查询SmilChr07G000376

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 7-like
产物protein FAR1-RELATED SEQUENCE 7-like
ArabidopsisAT3G06250 (FRS7)
FAR1-related sequence 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819799]
identity=59.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0225300
-
identity=34; qcov=0.801; evalue=2.8e-113; confidence=low
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF03101 (FAR1); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991577

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771849.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771849.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771849.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771849.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057771849.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2553245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr7:2553320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr7:2553500 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B104,B131
Chr7:2553594 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,C27,C70
Chr7:2553642 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr7:2553845 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C5
Chr7:2554066 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B104,B131
Chr7:2554128 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C78,C85
Chr7:2554482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,B82,C16
Chr7:2554754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,B82,C16
Chr7:2554911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B134,B48,B66,C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771849.1
770 aa
N
1
385
770
FAR1
FAR1
MULE
SWIM
C
PF03101 FAR1 52-126 aa PF03101 FAR1 203-277 aa PF10551 MULE 379-471 aa PF04434 SWIM 663-689 aa
XP_057771850.1
770 aa
N
1
385
770
FAR1
FAR1
MULE
SWIM
C
PF03101 FAR1 52-126 aa PF03101 FAR1 203-277 aa PF10551 MULE 379-471 aa PF04434 SWIM 663-689 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771849.1 Pfam PF03101 FAR1 Domain 52 126 1.1e-39 135.7 FAR1 DNA-binding domain
XP_057771849.1 Pfam PF03101 FAR1 Domain 203 277 1.1e-39 135.7 FAR1 DNA-binding domain
XP_057771849.1 Pfam PF10551 MULE Domain 379 471 9.4e-26 90.8 MULE transposase domain
XP_057771849.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 663 689 2.8e-07 30.6 SWIM zinc finger
XP_057771850.1 Pfam PF03101 FAR1 Domain 52 126 1.1e-39 135.7 FAR1 DNA-binding domain
XP_057771850.1 Pfam PF03101 FAR1 Domain 203 277 1.1e-39 135.7 FAR1 DNA-binding domain
XP_057771850.1 Pfam PF10551 MULE Domain 379 471 9.4e-26 90.8 MULE transposase domain
XP_057771850.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 663 689 2.8e-07 30.6 SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091160.1
ACTGGCACCATTACAATTCTCCTCCACTTTGAACCACCGTCAAAAAGCACACCGTTACTGGTAATCCACCTCAGCTCCACCTCTTCCTCCCTCAGCCGTGAAAGCGACTGCGAACAAAATATCTCTAATGTGCAATGTCACAAAATTCATAATCGGCTCAATTCTATATCTCGATCCATTTTCTTCTTCAAATGATTAAGCTTTTTGCGATTTATATCAATTTTGGGAATCGGGCGTGATCTTATGTTTATCGGGAACCA...
XR_009091159.1
ACTGGCACCATTACAATTCTCCTCCACTTTGAACCACCGTCAAAAAGCACACCGTTACTGGTAATCCACCTCAGCTCCACCTCTTCCTCCCTCAGCCGTGAAAGCGACTGCGAACAAAATATCTCTAATGTGCAATGTCACAAAATTCATAATCGGCTCAATTCTATATCTCGATCCATTTTCTTCTTCAAATGATTAAGCTTTTTGCGATTTATATCAATTTTGGGAATCGGGCGTGATCTTATGTTTATCGGGAACCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130991577
ATGAATAGGGAAGAGTTGGGAAATATCATGACAGTGAGGACAAAACCAGCAGCTTTAGTGGTTGGCATAAGCAATGGTCATCAGGAAAATGAAGGAGAATCTAAGATGGAACCACATGTGGGATTAGAATTCAATACAGCTGAAGAAGCACAGGAGTTTTATAGTATGTATGCAACTCAGGTGGGTTTTAAAATAAGGATAGGACAGCTGTATAGATCAAGAGTTGACGGCTCTGTTATTTCCCGGAGATTTGTGTGCTC...
LOC130991577
ATGAATAGGGAAGAGTTGGGAAATATCATGACAGTGAGGACAAAACCAGCAGCTTTAGTGGTTGGCATAAGCAATGGTCATCAGGAAAATGAAGGAGAATCTAAGATGGAACCACATGTGGGATTAGAATTCAATACAGCTGAAGAAGCACAGGAGTTTTATAGTATGTATGCAACTCAGGTGGGTTTTAAAATAAGGATAGGACAGCTGTATAGATCAAGAGTTGACGGCTCTGTTATTTCCCGGAGATTTGTGTGCTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057771849.1
MNREELGNIMTVRTKPAALVVGISNGHQENEGESKMEPHVGLEFNTAEEAQEFYSMYATQVGFKIRIGQLYRSRVDGSVISRRFVCSKEGFQTNSRTGCPAFIRVQKVDSGKWVVANIKKEHNHEVEASGEICPSRIQRKSFPTPRSSTGGASRTGIRSHEDDSPSAVVDIKRLKKEEMDAVNGPSGEPSKGLEFNSANDAYKFYYAYATNMGFRIRIGQLFRSKHDGSITSRRFVCSKEGHQHPSRVGCGAYMRIQRHE...
XP_057771850.1
MNREELGNIMTVRTKPAALVVGISNGHQENEGESKMEPHVGLEFNTAEEAQEFYSMYATQVGFKIRIGQLYRSRVDGSVISRRFVCSKEGFQTNSRTGCPAFIRVQKVDSGKWVVANIKKEHNHEVEASGEICPSRIQRKSFPTPRSSTGGASRTGIRSHEDDSPSAVVDIKRLKKEEMDAVNGPSGEPSKGLEFNSANDAYKFYYAYATNMGFRIRIGQLFRSKHDGSITSRRFVCSKEGHQHPSRVGCGAYMRIQRHE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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