当前解析结果
SmilChr07G000377| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000377 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000377 |
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 19-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 2551748 - 2552475 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993033 |
|---|---|
| GeneID | 130993033 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993033 |
| 原始查询 | SmilChr07G000377 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 19-like |
| 产物 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 19-like |
| Arabidopsis | AT3G21490 (AT3G21490)Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821703] identity=46.4; qcov=1.09; evalue=7.24e-22; confidence=medium |
| Rice | Os03g0156600- identity=27.4; qcov=1.06; evalue=7.34e-13; confidence=low |
| GO | GO:0046872 (metal ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00403 (HMA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993033 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057773736.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057773736.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057773736.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773736.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773736.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:2551772 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr7:2551953 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B2,C27 |
Chr7:2552360 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B134,B48,B66,C11,C69 |
Chr7:2552418 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C41 |
Chr7:2552465 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A2,B131 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773736.1PF00403
HMA 16-72 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773736.1 |
Pfam | PF00403 |
HMA | Domain | 16 | 72 | 2.4e-14 | 54.1 | Heavy-metal-associated domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。