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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000379

染色体: Chr07 坐标: 2562033-2564086 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000379
名称SmilChr07G000379
描述BI1-like protein
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2562033 - 2564086 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991581
GeneID130991581
locus_tag-
NCBI NameLOC130991581
原始查询SmilChr07G000379

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BI1-like protein
产物BI1-like protein
ArabidopsisAT4G15470 (AT4G15470)
Bax inhibitor-1 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827218]
identity=68.4; qcov=1.01; evalue=5.67e-120; confidence=high
RiceOs05g0402300
-
identity=59; qcov=0.936; evalue=5.5e-100; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF01027 (Bax1-I)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991581

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057771853.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057771853.1
3 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057771853.1
4 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057771853.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771853.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2562261 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B104,C48
Chr7:2562288 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr7:2563256 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B134,B48,B66,C11,C69
Chr7:2563261 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 1 A5
Chr7:2563261 T TTC 2bp_insertion CDS_variant 1 A5
Chr7:2563313 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr7:2563322 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr7:2563471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,B8,C55
Chr7:2563477 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,B8,C55
Chr7:2563743 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B19,B41,C10,C43,C9
Chr7:2563754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr7:2563772 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771853.1
250 aa
N
1
125
250
Bax1-I
C
PF01027 Bax1-I 41-248 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771853.1 Pfam PF01027 Bax1-I Domain 41 248 1.2e-48 166.4 Inhibitor of apoptosis-promoting Bax1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915870.1
GGGTTAATTCGGAATTTTAGCCAAACTTTGTGTTTATTTGACGCGGCTCCAACGCGTCAACGTGAACCAACCGACGACCGAGATTAAATAAATAGGCGCATAGCATTTCATTTGCAACCAAGCGAAATTTCTAGAGAGAGAAAAGACGGAGGAGAACCATCCAACCGTCGTCACCACCACCACCACCCCCAGATCTGAAAGATGCACGCCTACACCAGCGTCAGCACCGGCGGTATCGCCGACGGGATCAAGGTCGGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991581
ATGCACGCCTACACCAGCGTCAGCACCGGCGGTATCGCCGACGGGATCAAGGTCGGAGACATTGACATAGAGTCTGGGGATCGCCTCTACCCTGGAATCGGCCACGGCGAGAATCTGCTGCGATGGGGATTCATACGCAAAGTGTACGGCATACTGGCGGCGCAGATCCTCGTTACCACCTTAGTCACCGTCGCGACTGTTCTCTACGCGCCGATCAACGACCTCCTGCGCGCGAATTCCGGCCTCCTGCTTTTCCTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771853.1
MHAYTSVSTGGIADGIKVGDIDIESGDRLYPGIGHGENLLRWGFIRKVYGILAAQILVTTLVTVATVLYAPINDLLRANSGLLLFLVFTPFILLWPLHIYRQKHPLNLVFLGLFTASMSLTVGVSCANTEGRLVLEALILTSAVVSALTGYTFWAAKKGKDFSFLGPILFTSLFILILTGFIQAVYPLGSTTVAVYSAISAIIFSGYIVYDTENLIKRFTYDEYIWASVTLYLDVLNLFLTILRMLKQDN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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