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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000381

染色体: Chr07 坐标: 2566741-2572125 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000381
名称SmilChr07G000381
描述uncharacterized SmilChr07G000381
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2566741 - 2572125 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991582
GeneID130991582
locus_tag-
NCBI NameLOC130991582
原始查询SmilChr07G000381

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Mo25 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832012]; symbol=AT5G18940; hit=AT5G18940; species=arabidopsis; confidence=high
产物Mo25 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832012]; symbol=AT5G18940; hit=AT5G18940; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G18940 (AT5G18940)
Mo25 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832012]
identity=75.2; qcov=0.936; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0647100 (OJ1316_A04.107)
-
identity=63.4; qcov=0.983; evalue=2.58e-159; confidence=high
GOGO:0035556 (intracellular signal transduction); GO:0043539 (protein serine/threonine kinase activator activity)
KEGG-
PfamPF08569 (Mo25)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991582

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057771854.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057771854.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771854.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771854.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771854.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2569596 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B20,B42,B43,C13
Chr7:2569813 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr7:2570021 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B137,B139,B27,C4,C69
Chr7:2570038 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C58,C85
Chr7:2570484 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr7:2570790 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr7:2571782 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771854.1
345 aa
N
1
172
345
Mo25
C
PF08569 Mo25 5-336 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771854.1 Pfam PF08569 Mo25 Repeat 5 336 6.4e-122 407.7 Mo25-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915871.1
GCACACGCTTTTGCTCCTAAACTGCGATATCATTTGGAATTTTCCAGTTTCAATCGACCAATCATCAATCAAATCCCCAAACAAAATCCTTCAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGAAGAAATCATTCGAATTGCGACTCCCACGCTACCAGAAATCGTTGTACGATCGCAACAAATTGAATACTATTTCGTGATTTCCACTGAATCATCATAATGTCGTTCTCGTTCTTCAAGCAATCGAGGCCTAAGACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991582
ATGTCGTTCTCGTTCTTCAAGCAATCGAGGCCTAAGACACCACAGGAATTGGCGAAGGCGATAAAGGATAGTCTTATGGCGATCGATTCCATTACTGCAGCTGAAGTCAAATCACTAGAAAAGGGTATGGAAGAAGTTGAGAAGAATATAATGACAATGAGAACTATGTTATCTGGTGACGGTGAAGTAGAACCAAGTGCTGATCAAATTACTCAGTTGGCATTTGAAATTTGTAATGAAGATGCTATTTCTCTTCTTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771854.1
MSFSFFKQSRPKTPQELAKAIKDSLMAIDSITAAEVKSLEKGMEEVEKNIMTMRTMLSGDGEVEPSADQITQLAFEICNEDAISLLFHKLPILGWEARKNLVHCWSILLKQKVDSINCCEQYMEKHLELLDFLVVSYDNKEIALTCGHMLRECIKFPTLSKYILESPCFELFFKFVELPTFDVASDAFSTFKDLLTKHPTAVSEYLTTHYNEFFELYEKLLTSANYVTRRQSLKLMSEFLLESPSTHIMKRYIGEVRHLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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