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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000384

染色体: Chr07 坐标: 2582586-2584175 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000384
名称SmilChr07G000384
描述uncharacterized SmilChr07G000384
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2582586 - 2584175 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993035
GeneID130993035
locus_tag-
NCBI NameLOC130993035
原始查询SmilChr07G000384

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述OsFbox602; symbol=OsFbox602; hit=Os11g0533800; species=rice; confidence=weak
产物OsFbox602; symbol=OsFbox602; hit=Os11g0533800; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT1G58310 (AT1G58310)
F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842200]
identity=26; qcov=0.386; evalue=8.14e-06; confidence=low
RiceOs11g0533800 (OsFbox602)
-
identity=23.4; qcov=0.639; evalue=2.51e-07; confidence=weak
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993035

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773739.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773739.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773739.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773739.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057773739.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2582611 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:2582619 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr7:2582644 T TCC 2bp_insertion frameshift_variant 23 A24,A3,B1,B10,B107,B112,B118,B121,B122,B124,B139,B29,B44,B54,C2,C3,C45,C62,C65,C75,C81,C82,D5
Chr7:2582646 ATT A 2bp_deletion frameshift_variant 23 A24,A3,B1,B10,B107,B112,B118,B121,B122,B124,B139,B29,B44,B54,C2,C3,C45,C62,C65,C75,C81,C82,D5
Chr7:2582669 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:2582682 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C86
Chr7:2582682 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 C86
Chr7:2582735 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr7:2582737 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr7:2582743 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 42 A24,A7,B10,B101,B104,B107,B108,B117,B12,B121,B125,B128,B130,B131,B138,B39,B4,B42,B55,B60,B64,B7,B70,B82,B90,B97,B98,C11,C16,C27,C28,C34,C35,C45,C67,C73,C74,C8,C83,C9,D1,D6
Chr7:2582749 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B72,B85,C56,C65
Chr7:2582755 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 37 A1,A14,A19,A21,A8,B1,B101,B112,B117,B118,B121,B122,B124,B130,B17,B26,B28,B38,B44,B51,B54,B61,B64,B8,C10,C18,C2,C23,C32,C46,C62,C70,C71,C81,C82,C84,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917756.1
ATGGAGAGGCATCCCCAAAGAATTGCGGCTATGGGCGAATTTGAATTTCCTGAAGAAATTATTCACCAAATTCAATCTTTGATGTCTGATCAAAGGGAAGCTGCTCGAACGACTCTCGTCTCCAAGTCCTGGTACGGCGCGTGGTCCACGCGCCCCAACCTTAGGTTTCATGAATTCGAGTTGGGAGAAAGGTTTCCGCAGTGGGCGAGGAAGACGTTGCAGAGGTATGAAGATCTCAACCTAAACATCCAAACTTTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993035
ATGGAGAGGCATCCCCAAAGAATTGCGGCTATGGGCGAATTTGAATTTCCTGAAGAAATTATTCACCAAATTCAATCTTTGATGTCTGATCAAAGGGAAGCTGCTCGAACGACTCTCGTCTCCAAGTCCTGGTACGGCGCGTGGTCCACGCGCCCCAACCTTAGGTTTCATGAATTCGAGTTGGGAGAAAGGTTTCCGCAGTGGGCGAGGAAGACGTTGCAGAGGTATGAAGATCTCAACCTAAACATCCAAACTTTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773739.1
MERHPQRIAAMGEFEFPEEIIHQIQSLMSDQREAARTTLVSKSWYGAWSTRPNLRFHEFELGERFPQWARKTLQRYEDLNLNIQTFNLRMYKDDSLARELILKAIKLGVIDLTIEYIKWWFDLPDEVLESQTLTRLSVSGCTVDLGRRKKKEIITCSTLKSLTLSGVYVNGDFYEGLIWRFPLIEELTLKQPKRLVFDVGAMLKLHKLKSLRMESLLVFIVDLERRNKPLTSSNLKSLTLSSTLTEGDFSYLSHRFPLLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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