当前解析结果
SmilChr07G000387| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000387 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000387 |
| 描述 | putative F-box/LRR-repeat protein At3g18150 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 2591985 - 2593501 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991587 |
|---|---|
| GeneID | 130991587 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991587 |
| 原始查询 | SmilChr07G000387 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative F-box/LRR-repeat protein At3g18150 |
| 产物 | putative F-box/LRR-repeat protein At3g18150 |
| Arabidopsis | AT4G00320 (AT4G00320)F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827939] identity=30.6; qcov=0.521; evalue=2.02e-15; confidence=low |
| Rice | -- |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF24758 (LRR_At5g56370) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991587 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057771860.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771860.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771860.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771860.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057771860.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:2592097 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B93,B98,C23 |
Chr7:2592101 |
T |
TGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B68 |
Chr7:2592101 |
T |
TGA |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr7:2592151 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B112,C70 |
Chr7:2592171 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B103,B26 |
Chr7:2592318 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B1,C13 |
Chr7:2592318 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B1,C13 |
Chr7:2592319 |
A |
AAG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 3 | A5,A7,C28 |
Chr7:2592319 |
A |
AAG |
2bp_insertion | CDS_variant | 3 | A5,A7,C28 |
Chr7:2592334 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,C13 |
Chr7:2592337 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
Chr7:2592408 |
A |
ATG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 27 | A3,A7,A8,B115,B123,B131,B135,B137,B20,B36,B48,B52,B56,B68,B77,B86,B96,C19,C33,C37,C45,C47,C5,C60,D10,D5,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771860.1PF24758
LRR_At5g56370 128-206 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771860.1 |
Pfam | PF24758 |
LRR_At5g56370 | Repeat | 128 | 206 | 9.4e-11 | 42.5 | FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。