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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000391

染色体: Chr07 坐标: 2635258-2636497 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000391
名称SmilChr07G000391
描述uncharacterized SmilChr07G000391
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2635258 - 2636497 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991589
GeneID130991589
locus_tag-
NCBI NameLOC130991589
原始查询SmilChr07G000391

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991589

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771863.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771863.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771863.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771863.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057771863.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2635552 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B20,B7,C53,C72
Chr7:2635554 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 18 A10,A22,A3,B138,B22,B45,B5,B67,B71,B72,C27,C31,C36,C41,C47,C75,C87,D10
Chr7:2635557 T TGC 2bp_insertion frameshift_variant 4 A25,B76,B97,C15
Chr7:2635557 T TGC 2bp_insertion CDS_variant 4 A25,B76,B97,C15
Chr7:2635584 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B20,B7,C53,C72
Chr7:2635601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr7:2635627 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 22 B100,B102,B11,B111,B12,B15,B17,B20,B35,B55,B59,B6,B83,C10,C18,C20,C57,C65,C67,C69,C7,C84
Chr7:2635629 GAC G 2bp_deletion frameshift_variant 37 A10,A19,A22,A7,A9,B106,B107,B113,B125,B138,B139,B4,B43,B45,B5,B56,B62,B65,B67,B68,B72,B85,B91,B94,C11,C16,C2,C31,C33,C36,C48,C49,C53,C75,C8,C87,D10
Chr7:2635682 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 35 A11,A14,A18,A3,A5,A9,B106,B107,B111,B113,B117,B135,B138,B139,B20,B26,B35,B43,B51,B69,B76,B84,B86,B94,C14,C28,C31,C45,C48,C49,C53,C7,C75,C81,C82
Chr7:2635684 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 33 A11,A14,A18,A3,A5,A9,B106,B107,B111,B113,B117,B135,B138,B139,B20,B26,B35,B51,B69,B76,B86,B94,C14,C31,C45,C48,C49,C53,C67,C7,C75,C81,C82
Chr7:2635716 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B117,C45
Chr7:2635733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915880.1
AATTAAATCTTCAAATTTGGAGGTGAAGCCATGGAGAAGCATCACAAAACCGTCGGCGGATTTGAATTTCCTGAAGAAATTATTCACCAAATTCAATCTTTTCTGGGTGAAAGGAAAGCTGCTGGAACGTCTCTCGTCTCCAAGTCCTAGTACGGCGCGTGGTCTACGCGCCCCAACCTCAGTTTTAGTAAATTCGAGTTGGGAGAAAGGTTGCCTCAATACGCGAGGAAGACGTTGCAGAGGTATGAACATCTCAACCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991589
ATGCGTATAGACGATTCTGATGTGGCTAGAGAATTGATTTTGAAAGCGATCAAATTGGGGGCTATTGATCTCACAATTGATGTTATGACCCGGCCAGAGTTTGTTTTACCAGATGAGGTGCTTGAATCCCAAACCCTAACACGATTATCTGTGTGTGATGCCTCAGTTGAATTCGAGAGAAGGAATAAACCGCTAACCTCTTCCAACCTTAAATCACTCACTCTAGACTGCACTCTAACTAAGGGTGATTTTAGTTATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771863.1
MRIDDSDVARELILKAIKLGAIDLTIDVMTRPEFVLPDEVLESQTLTRLSVCDASVEFERRNKPLTSSNLKSLTLDCTLTKGDFSYLSRIFPLLEELKMQSVHLNTEDSLSKSELWLQFPCLKKLVIWNCYFAKAKVKFDVPNIRKFVFVGDDVSRLELKTSSREWESYIHIICWDFIGSASWLRSLKQFVKVLSPSRVSLALHLYCRQLRVEDGFVGDDLAIPAVEDLTISGLEVSPEFLNALLRSFRPNFVDIQRRHE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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