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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000404

染色体: Chr07 坐标: 2795895-2800094 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000404
名称SmilChr07G000404
描述nucleoside hydrolase 3-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2795895 - 2800094 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991600
GeneID130991600
locus_tag-
NCBI NameLOC130991600
原始查询SmilChr07G000404

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nucleoside hydrolase 3-like
产物nucleoside hydrolase 3-like
ArabidopsisAT5G18860 (NSH3)
inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832004]
identity=60.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0406100
-
identity=55.3; qcov=0.863; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016799 (hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds)
KEGG-
PfamPF01156 (IU_nuc_hydro)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991600

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057771880.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057771880.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771880.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771880.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771880.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2796072 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C70,D10
Chr7:2796413 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B91,C74
Chr7:2796748 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr7:2796800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B91,C74
Chr7:2796863 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:2796921 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,B2,C5
Chr7:2796930 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr7:2796931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,B2,C5
Chr7:2796946 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B74,D6
Chr7:2796948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr7:2796949 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B76,C27
Chr7:2796988 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771880.1
879 aa
N
1
440
879
IU_nuc_hydro
IU_nuc_hydro
C
PF01156 IU_nuc_hydro 38-340 aa PF01156 IU_nuc_hydro 499-840 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771880.1 Pfam PF01156 IU_nuc_hydro Domain 38 340 8.5e-75 252.9 Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase
XP_057771880.1 Pfam PF01156 IU_nuc_hydro Domain 499 840 8.5e-75 252.9 Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915897.1
TTTAATTACTCACATTTGTCTAAGTAGCCATTGTTGAAGTGATTTGAAGGTGACACAAAGTTTGATTTTGGGCTGAAGAGAGAGAAGAAATAGGTAACAAGATGATGATGAGAGAGAGAGATGCTTGCATATGCATATGTATACTAATTGTGATCACTGCACTGATAAGATCAAACACAAACAATGTGGAGGAGCTGCGGCGGCGCCGCCGCATTCTCTTGGATACGGATATGGATACCGATGACTTATTTGCTCTCTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991600
ATGATGATGAGAGAGAGAGATGCTTGCATATGCATATGTATACTAATTGTGATCACTGCACTGATAAGATCAAACACAAACAATGTGGAGGAGCTGCGGCGGCGCCGCCGCATTCTCTTGGATACGGATATGGATACCGATGACTTATTTGCTCTCTTGTATATTTTGAAGCTCAACACATCACACTTTGATTTGCAGGCTGTTACCATAAACACAAATGGATGGAGTAATGCAGGGCATGCCGTAAACCACGTCTACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771880.1
MMMRERDACICICILIVITALIRSNTNNVEELRRRRRILLDTDMDTDDLFALLYILKLNTSHFDLQAVTINTNGWSNAGHAVNHVYDLLHMMGRDDVVVGLGGEGGILEDGTMQPDIGGYHPIIEQGNSTAGYCRYRQAIPLGHGGRLDVDTNFGLRRSFLPQGSRRYLPLQQPTVQQVMVDKILAGPMTVFVIGASTNLAVFLMSNPHLKKNIQHIYIMGGGVGTSSPARSPEQPGPADGNLFTGFSSNPYAEFNMFAD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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