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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000406`

染色体: Chr07 坐标: 2805276-2808928 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000406`
名称	SmilChr07G000406
描述	probable prolyl 4-hydroxylase 4
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	2805276 - 2808928 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991603`
GeneID	`130991603`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991603`
原始查询	`SmilChr07G000406`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable prolyl 4-hydroxylase 4
产物	probable prolyl 4-hydroxylase 4
Arabidopsis	`AT5G18900` (AT5G18900) 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832008] identity=69.5; qcov=1; evalue=5e-149; confidence=high
Rice	`Os05g0489100` - identity=67.5; qcov=0.918; evalue=4.95e-136; confidence=high
GO	GO:0004656 (procollagen-proline 4-dioxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0018401 (peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline); GO:0031418 (L-ascorbic acid binding)
KEGG	smil00330 (Arginine and proline metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01549 (ShK); PF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF13640 (2OG-FeII_Oxy_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991603

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057771883.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057771883.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057771883.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771883.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771883.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:2805645`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr7:2808345`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771883.1

292 aa

146

292

2OG-FeII_Oxy

2OG-FeII_Oxy_3

ShK

PF03171 2OG-FeII_Oxy 118-240 aa PF13640 2OG-FeII_Oxy_3 120-240 aa PF01549 ShK 251-292 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771883.1`	Pfam	`PF03171`	2OG-FeII_Oxy	Domain	118	240	2.1e-09	38.3	2OG-Fe(II) oxygenase superfamily
`XP_057771883.1`	Pfam	`PF13640`	2OG-FeII_Oxy_3	Domain	120	240	1e-19	72.0	2OG-Fe(II) oxygenase superfamily
`XP_057771883.1`	Pfam	`PF01549`	ShK	Domain	251	292	0.00026	22.2	ShK domain-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915900.1
ATGACCAGTAAATCTTGTTTTAGAAACTTTTTAATTAAGTGAGCCAAAGTATCCAACATTTTTATTTATTTATTAATAAATGAAGTATTTGACATTTGTGATAGTTGAGTGGGTAAACCGTGAAGGTATTTCAGCCCCAAATATATATTTTTCGTCAACTCGCACTGAATGATCTACCAAATCCGAAATCTCACTATACGCAGAAAAATATATCAGATTCAAACATCTTACTCGCTCCTGTTCAAAAATTTCCGACGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991603
ATGCATAGATTATGTTATATCTCCTTGTTTCTACTGCTGTTGATCGCATCAATAGCGCGGAAATCTTCGTGCAATTCGATAGTCAATCCGTCCAAAGTCAGAACTATATCATGGAGACCTAGAGCTTTTGTGTACGAAGGTTTTCTCACGGATGGTGAATGCAATCATTTAATTTCTCTGGCGAAATCGGAGCTGAAGAGGTCACAGGTGGCAGACAATGAGTCTGGCAAAAGTAAGCTGAGTGAGGTTCGGACTAGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771883.1
MHRLCYISLFLLLLIASIARKSSCNSIVNPSKVRTISWRPRAFVYEGFLTDGECNHLISLAKSELKRSQVADNESGKSKLSEVRTSSGMFIGKAKDPIVAGIEDKIATWTFLPKENGEDIQVLRYEPGQKYDPHYDYFADKENIARGGHRIATVLMYLSDVEKGGETVFPSAEESPRRRSVSTDKDFSECGRQGPAVKPRKGDALLFYSLYPDATPDTASLHAGCPVDEGEKWSATKWIHVDSFDRVVGGDCADSNENCQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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