当前解析结果
SmilChr07G000407| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000407 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000407 |
| 描述 | receptor-like cytosolic serine/threonine-protein kinase RBK2 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 2809795 - 2813088 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130991602 |
|---|---|
| GeneID | 130991602 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991602 |
| 原始查询 | SmilChr07G000407 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | receptor-like cytosolic serine/threonine-protein kinase RBK2 |
| 产物 | receptor-like cytosolic serine/threonine-protein kinase RBK2 |
| Arabidopsis | AT5G18910 (AT5G18910)Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832009] identity=58.1; qcov=0.787; evalue=7.46e-163; confidence=high |
| Rice | Os06g0663900 (OsRLCK212)- identity=50.7; qcov=0.759; evalue=2.57e-126; confidence=high |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991602 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057771882.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057771882.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771882.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771882.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771882.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:2811330 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,D10 |
Chr7:2811651 |
TAA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B25 |
Chr7:2811651 |
TAA |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B25 |
Chr7:2811768 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr7:2812041 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B35,B44,C40,D8 |
Chr7:2812408 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771882.1PF00069
Pkinase 178-438 aa
PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 179-440 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771882.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 178 | 438 | 6.2e-42 | 144.5 | Protein kinase domain |
XP_057771882.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 179 | 440 | 3.7e-41 | 141.9 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。