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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000411

染色体: Chr07 坐标: 2837210-2848285 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000411
名称SmilChr07G000411
描述phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2837210 - 2848285 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991608
GeneID130991608
locus_tag-
NCBI NameLOC130991608
原始查询SmilChr07G000411

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic
产物phosphomethylpyrimidine synthase%2C chloroplastic
ArabidopsisAT2G29630 (THIC)
thiaminC [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817513]
identity=85.1; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0679700 (OsTHIC)
-
identity=81.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0009228 (thiamine biosynthetic process); GO:0016830 (carbon-carbon lyase activity); GO:0051536 (iron-sulfur cluster binding)
KEGGsmil00730 (Thiamine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01964 (ThiC_Rad_SAM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991608

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057771889.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057771889.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057771889.1
4 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057771889.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771889.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2838723 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B66,B78,D9
Chr7:2839444 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B34,B63,B93,C71
Chr7:2839641 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr7:2839645 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr7:2839772 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr7:2839819 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,B79
Chr7:2839894 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B17,B50,C30
Chr7:2839968 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C46
Chr7:2840017 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,B74,C60
Chr7:2840052 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 A18
Chr7:2840052 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 A18
Chr7:2840079 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771889.1
647 aa
N
1
324
647
ThiC_Rad_SAM
C
PF01964 ThiC_Rad_SAM 167-587 aa
XP_057771890.1
647 aa
N
1
324
647
ThiC_Rad_SAM
C
PF01964 ThiC_Rad_SAM 167-587 aa
XP_057771891.1
647 aa
N
1
324
647
ThiC_Rad_SAM
C
PF01964 ThiC_Rad_SAM 167-587 aa
XP_057771892.1
647 aa
N
1
324
647
ThiC_Rad_SAM
C
PF01964 ThiC_Rad_SAM 167-587 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771889.1 Pfam PF01964 ThiC_Rad_SAM Domain 167 587 1.9e-184 614.0 Radical SAM ThiC family
XP_057771890.1 Pfam PF01964 ThiC_Rad_SAM Domain 167 587 1.9e-184 614.0 Radical SAM ThiC family
XP_057771891.1 Pfam PF01964 ThiC_Rad_SAM Domain 167 587 1.9e-184 614.0 Radical SAM ThiC family
XP_057771892.1 Pfam PF01964 ThiC_Rad_SAM Domain 167 587 1.9e-184 614.0 Radical SAM ThiC family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091167.1
TTCATTCCAACCAAAAAAGTTTCCAACTTTATTGTGAATTATCAGTCTTCTTCACCTCATTGTTGCCATCTCGCTCGGATATAAAAAGCCTCTAATCACCCTTTCATTATTGCTTTCTTTCGCGCACAAATATCTCTTGAGATAAGATTTCATCAGTTGAGGTATACCAGAGATGGCGTCCATGCAAACTAGTTTGGCATCAGCTGTGTGCAACAACAGAAACTGCACTACTTCATCGAAATTTCTCAGCAGCTCCTTCC...
XR_009091170.1
AAAAAAGTTTCCAACTTTATTGTGAATTATCAGTCTTCTTCACCTCATTGTTGCCATCTCGCTCGGATATAAAAAGCCTCTAATCACCCTTTCATTATTGCTTTCTTTCGCGCACAAATATCTCTTGAGATAAGATTTCATCAGTATACCAGAGATGGCGTCCATGCAAACTAGTTTGGCATCAGCTGTGTGCAACAACAGAAACTGCACTACTTCATCGAAATTTCTCAGCAGCTCCTTCCAGTATGGAACGGACATGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130991608
ATGGCGTCCATGCAAACTAGTTTGGCATCAGCTGTGTGCAACAACAGAAACTGCACTACTTCATCGAAATTTCTCAGCAGCTCCTTCCAGTATGGAACGGACATGAATGGACAGGTTGCAAGTATAAGAAGAAAGGAAGTCTCCCCTGCTTTCTTTTCAGGCCCCAAAGCTACACTAACTTTTGATCCCTCCACTACCAACCAAGAAAAAGTTAAGATGCGGAAGCACACAGTTGATCCGAATGCCCCTGATTTCCTCCC...
LOC130991608
ATGGCGTCCATGCAAACTAGTTTGGCATCAGCTGTGTGCAACAACAGAAACTGCACTACTTCATCGAAATTTCTCAGCAGCTCCTTCCAGTATGGAACGGACATGAATGGACAGGTTGCAAGTATAAGAAGAAAGGAAGTCTCCCCTGCTTTCTTTTCAGGCCCCAAAGCTACACTAACTTTTGATCCCTCCACTACCAACCAAGAAAAAGTTAAGATGCGGAAGCACACAGTTGATCCGAATGCCCCTGATTTCCTCCC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057771889.1
MASMQTSLASAVCNNRNCTTSSKFLSSSFQYGTDMNGQVASIRRKEVSPAFFSGPKATLTFDPSTTNQEKVKMRKHTVDPNAPDFLPLPSFEDCFPKSTKEYTEVIHEQSGTVLHVPFRRVHLSGDEPHFDTYDTSGPQNISPRLGLPKVRKEWIDRREKVGGPRYTQMYYAKQGIITEEMVFCAARERIDPEFVRSEVARGRAIIPSNKKHLELEPMIVGRNFLVKVNANIGNSAVVSSIEEEVHKLQWATMWGADTIM...
XP_057771890.1
MASMQTSLASAVCNNRNCTTSSKFLSSSFQYGTDMNGQVASIRRKEVSPAFFSGPKATLTFDPSTTNQEKVKMRKHTVDPNAPDFLPLPSFEDCFPKSTKEYTEVIHEQSGTVLHVPFRRVHLSGDEPHFDTYDTSGPQNISPRLGLPKVRKEWIDRREKVGGPRYTQMYYAKQGIITEEMVFCAARERIDPEFVRSEVARGRAIIPSNKKHLELEPMIVGRNFLVKVNANIGNSAVVSSIEEEVHKLQWATMWGADTIM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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