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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000415

染色体: Chr07 坐标: 2863061-2864556 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000415
名称SmilChr07G000415
描述peptide methionine sulfoxide reductase B5-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2863061 - 2864556 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991610
GeneID130991610
locus_tag-
NCBI NameLOC130991610
原始查询SmilChr07G000415

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述peptide methionine sulfoxide reductase B5-like
产物peptide methionine sulfoxide reductase B5-like
ArabidopsisAT4G04830 (MSRB5)
methionine sulfoxide reductase B5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825820]
identity=81; qcov=0.926; evalue=3.54e-75; confidence=high
RiceOs03g0360700 (OsMSR1)
-
identity=80; qcov=0.919; evalue=3.86e-75; confidence=high
GOGO:0006979 (response to oxidative stress); GO:0030091 (protein repair); GO:0033743 (peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity)
KEGG-
PfamPF01641 (SelR)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991610

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057771897.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057771897.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057771896.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771896.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771896.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2863169 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 25 A13,A18,A25,A4,B114,B118,B119,B126,B130,B137,B29,B31,B34,B5,B60,B84,B88,B99,C12,C36,C40,C45,C48,C6,C87
Chr7:2863243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr7:2863261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A5,C15,C58
Chr7:2863288 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B131,B82,C8
Chr7:2863295 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B95
Chr7:2863295 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr7:2863347 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B138
Chr7:2863357 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B138
Chr7:2863363 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr7:2863379 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B138
Chr7:2863419 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:2863423 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771896.1
189 aa
N
1
94
189
SelR
C
PF01641 SelR 15-80 aa
XP_057771897.1
136 aa
N
1
68
136
SelR
C
PF01641 SelR 15-127 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771896.1 Pfam PF01641 SelR Domain 15 80 2.8e-23 82.8 SelR domain
XP_057771897.1 Pfam PF01641 SelR Domain 15 127 1.3e-43 148.4 SelR domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915914.1
GGATATTATTAAACATGTTTTTGCTCACGTTTGGAAAATTAGCATCTGAGTCGCGAAGCCGTCCACATTCACTTTCTCACTCATCAAATTCAAGGCGAGAAACTTCTCACTATAAATAGCATCCCACAGCCACTGCTCCTGCTCCAAACAGATCAATCAAAATACTGAAAAAAACGAAAAGAAAAGGAATTTTGTAAGAGAAATTTAATGGGTTCAGTGCAGAAAGCAGAGGAGGAATGGCGAGCCATTCTCACTCCTCA...
XM_057915913.1
GGATATTATTAAACATGTTTTTGCTCACGTTTGGAAAATTAGCATCTGAGTCGCGAAGCCGTCCACATTCACTTTCTCACTCATCAAATTCAAGGCGAGAAACTTCTCACTATAAATAGCATCCCACAGCCACTGCTCCTGCTCCAAACAGATCAATCAAAATACTGAAAAAAACGAAAAGAAAAGGAATTTTGTAAGAGAAATTTAATGGGTTCAGTGCAGAAAGCAGAGGAGGAATGGCGAGCCATTCTCACTCCTCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130991610
ATGGGTTCAGTGCAGAAAGCAGAGGAGGAATGGCGAGCCATTCTCACTCCTCAGCAGTTTCATATTCTCCGCCAAAAGGGAACCGAGCCGAGAGGGACGGGGCACTACGACAAGTTCTACGAGGAAGGGATATACAATTGTGCCGGCTGTGGAACGCCGCTCTACAAATCAACGACCAAATTTGACTCCGGGTGCGGTTGGCCCGCCTTCTTTGAAGGTGTGCCGGGTGCCATCACCCGTTCGGTTGGTATCCCAACTTT...
LOC130991610
ATGGGTTCAGTGCAGAAAGCAGAGGAGGAATGGCGAGCCATTCTCACTCCTCAGCAGTTTCATATTCTCCGCCAAAAGGGAACCGAGCCGAGAGGGACGGGGCACTACGACAAGTTCTACGAGGAAGGGATATACAATTGTGCCGGCTGTGGAACGCCGCTCTACAAATCAACGACCAAATTTGACTCCGGGTGCGGTTGGCCCGCCTTCTTTGAAGGTGTGCCGGGTGCCATCACCCGTTCGCCCGACCCTGATGGCCG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057771896.1
MGSVQKAEEEWRAILTPQQFHILRQKGTEPRGTGHYDKFYEEGIYNCAGCGTPLYKSTTKFDSGCGWPAFFEGVPGAITRSVGIPTFFMTMSHFVSHFVKFMFVVCFSPTLMAGGRRSLAPPVVATWGMSSRERGTRCRQTRGIALTASRSSSWRPELRKPLHSVVLDGVESLACDFLMFSCEFVMDFS
XP_057771897.1
MGSVQKAEEEWRAILTPQQFHILRQKGTEPRGTGHYDKFYEEGIYNCAGCGTPLYKSTTKFDSGCGWPAFFEGVPGAITRSPDPDGRRTEITCTACGGHLGHVFKGEGHPVPTDERHCVNSVSIKFVAAGAPEATP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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