Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000421

染色体: Chr07 坐标: 2910059-2915989 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000421
名称SmilChr07G000421
描述F-box/LRR-repeat protein 4
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2910059 - 2915989 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991618
GeneID130991618
locus_tag-
NCBI NameLOC130991618
原始查询SmilChr07G000421

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/LRR-repeat protein 4
产物F-box/LRR-repeat protein 4
ArabidopsisAT4G15475 (AT4G15475)
F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827219]
identity=63.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0148800 (Os_F0711)
-
identity=35.6; qcov=0.8; evalue=1.86e-85; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0019005 (SCF ubiquitin ligase complex); GO:0031146 (SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process)
KEGG-
PfamPF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like); PF13516 (LRR_6); PF18511 (F-box_5); PF25372 (LRR_FBXL15)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991618

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057771909.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057771909.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771909.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771909.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771909.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2910316 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,B48,C87
Chr7:2910370 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr7:2910718 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr7:2910761 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr7:2911517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr7:2912518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr7:2914171 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,C18
Chr7:2914235 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,B31,B65,C40,C47
Chr7:2914398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,B31,B65,C40,C47
Chr7:2914926 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr7:2915579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,B66,B74
Chr7:2915595 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 3 B13,C46,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771909.1
604 aa
N
1
302
604
F-box-like
F-box
F-box_5
LRR_FBXL15
LRR_6
LRR_6
LRR_FBXL15
LRR_FBXL15
LRR_6
LRR_6
LRR_6
C
PF12937 F-box-like 11-41 aa PF00646 F-box 11-42 aa PF18511 F-box_5 12-48 aa PF25372 LRR_FBXL15 134-245 aa PF13516 LRR_6 158-180 aa PF13516 LRR_6 184-207 aa PF25372 LRR_FBXL15 313-441 aa PF25372 LRR_FBXL15 389-578 aa PF13516 LRR_6 417-439 aa PF13516 LRR_6 442-465 aa PF13516 LRR_6 469-491 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771909.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 11 41 3e-07 30.8 F-box-like
XP_057771909.1 Pfam PF00646 F-box Domain 11 42 1.9e-06 28.3 F-box domain
XP_057771909.1 Pfam PF18511 F-box_5 Domain 12 48 8.9e-07 29.1 F-box
XP_057771909.1 Pfam PF25372 LRR_FBXL15 Repeat 134 245 1.5e-36 126.6 F-box/LRR-repeat protein 15, leucine rich repeat domain
XP_057771909.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 158 180 3.8e-29 99.1 Leucine Rich repeat
XP_057771909.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 184 207 3.8e-29 99.1 Leucine Rich repeat
XP_057771909.1 Pfam PF25372 LRR_FBXL15 Repeat 313 441 1.5e-36 126.6 F-box/LRR-repeat protein 15, leucine rich repeat domain
XP_057771909.1 Pfam PF25372 LRR_FBXL15 Repeat 389 578 1.5e-36 126.6 F-box/LRR-repeat protein 15, leucine rich repeat domain
XP_057771909.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 417 439 3.8e-29 99.1 Leucine Rich repeat
XP_057771909.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 442 465 3.8e-29 99.1 Leucine Rich repeat
XP_057771909.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 469 491 3.8e-29 99.1 Leucine Rich repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915926.1
ATATGCTTTGCCCCTCACCTGAATTCTCTCTCTAATTCGGTAAAATTCCCTCACTGTTGCAACTATACGTATGTATATACATAACATCACGTAGGAAAAGAGTCAATTGCAGCAAAGGTATAATGAAATTGAGGCAAAATGAGAGGGTTTGATCGGATGAACGGCGTGCTGCCGGACGAATTGATAGTAGAAATATTCAGGCGGCTGGATGCGAAGGCGAGCCGCGACGCCTGCTCGCTGGTTTGCAAGCGGTGGCTCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991618
ATGAGAGGGTTTGATCGGATGAACGGCGTGCTGCCGGACGAATTGATAGTAGAAATATTCAGGCGGCTGGATGCGAAGGCGAGCCGCGACGCCTGCTCGCTGGTTTGCAAGCGGTGGCTCAGCCTTGAGCGCCTCAGCCGCGACACAATCCGCATCGGCGCCTCCGCCTCCCCCGACAAGCTCGTCGAGCTGCTCGGCCGCCTCTTTCCGAATATACAATACGTATTCGTCGACGAGCGCATCTCCATCACGCTCCCTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771909.1
MRGFDRMNGVLPDELIVEIFRRLDAKASRDACSLVCKRWLSLERLSRDTIRIGASASPDKLVELLGRLFPNIQYVFVDERISITLPVQCGKRRRRSLTRGKWDEGSDQSAFGDDGMGANCLSDSGLATVGESFVKLEKLSLIWCSSLTDVGLKSFAEKCRSLKSLDLQGCYIGDEGLAAIGECCNFLQDLNLRFCEGLTDRGLVQLALGCGKTLKSIGVAACAKITDISLEAVGSHCRSLESLSLDSEIINDKGLLAVAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器