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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000427

染色体: Chr07 坐标: 2970850-2973249 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000427
名称SmilChr07G000427
描述uncharacterized SmilChr07G000427
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2970850 - 2973249 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991623
GeneID130991623
locus_tag-
NCBI NameLOC130991623
原始查询SmilChr07G000427

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/FBD/LRR protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824076]; symbol=AT3G49150; hit=AT3G49150; species=arabidopsis; confidence=low
产物F-box/FBD/LRR protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824076]; symbol=AT3G49150; hit=AT3G49150; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G49150 (AT3G49150)
F-box/FBD/LRR protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824076]
identity=29.7; qcov=0.381; evalue=3.92e-10; confidence=low
RiceOs10g0128200 (OsFbox517)
-
identity=22.9; qcov=0.752; evalue=1.43e-07; confidence=weak
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991623

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771916.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771916.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771916.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771916.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057771916.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2971258 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C62
Chr7:2971258 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr7:2971264 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 8 B113,B128,B130,B81,C32,C35,C68,D4
Chr7:2971289 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr7:2971348 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 28 A20,A21,B103,B124,B17,B32,B36,B40,B58,B59,B74,B86,B90,B92,B93,B94,C13,C2,C20,C21,C33,C46,C62,C65,C78,C85,C86,D5
Chr7:2971411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C74
Chr7:2971414 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 48 A14,A15,A19,B103,B105,B106,B125,B135,B136,B138,B16,B21,B24,B3,B30,B4,B41,B45,B50,B57,B61,B69,B70,B71,B82,B83,B86,B87,B91,B97,C10,C12,C16,C24,C25,C27,C28,C30,C39,C48,C50,C51,C53,C69,C73,C77,C82,D6
Chr7:2971419 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 48 A14,A15,A19,B103,B105,B106,B125,B135,B136,B138,B16,B21,B24,B3,B30,B4,B41,B45,B50,B57,B61,B69,B70,B71,B82,B83,B86,B87,B91,B97,C10,C12,C16,C24,C25,C27,C28,C30,C39,C48,C50,C51,C53,C69,C73,C77,C82,D6
Chr7:2971427 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 24 A20,B103,B124,B17,B32,B36,B40,B58,B59,B74,B86,B90,B92,B93,C13,C2,C21,C33,C46,C62,C65,C78,C85,C86
Chr7:2971431 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 56 A1,A13,A14,A16,A19,A24,A3,B1,B109,B120,B124,B13,B136,B16,B18,B20,B21,B25,B26,B28,B29,B39,B48,B54,B58,B60,B65,B66,B67,B68,B7,B72,B79,C19,C23,C27,C29,C30,C41,C42,C45,C52,C61,C62,C63,C7,C70,C71,C74,C75,C81,C82,D11,D2,D5,D8
Chr7:2971467 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 15 B103,B17,B32,B36,B40,B58,B59,B74,B90,B93,C13,C21,C33,C78,C86
Chr7:2971479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B60,B88,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915933.1
TTTTCCATTTTATCTCACCAGAGTTGTCGCAAATTTTCAAGGCTGATATGAAGATTCAGATAATTCTTCGGGTTCTCAAAAAGTGGATGTGTCTTGGAATGGAAAAGGGCGAACGAATCGAAATCAGATTGCCGGAAGCCATGATTCAGGGCGAACGAATCGAAACCGGATTGCCGGAAGCCATGATTCAGGGCGAACGAATGGAAACCGGATTGCCGGAAGCCATGATTCAGCTGATACAGTCTTTCTTGAGTGAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991623
ATGAAGATTCAGATAATTCTTCGGGTTCTCAAAAAGTGGATGTGTCTTGGAATGGAAAAGGGCGAACGAATCGAAATCAGATTGCCGGAAGCCATGATTCAGGGCGAACGAATCGAAACCGGATTGCCGGAAGCCATGATTCAGGGCGAACGAATGGAAACCGGATTGCCGGAAGCCATGATTCAGCTGATACAGTCTTTCTTGAGTGAAGAAGATGCTGCTCGAACCACTCTTATCTCCAAATCATGGTACAACGCTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771916.1
MKIQIILRVLKKWMCLGMEKGERIEIRLPEAMIQGERIETGLPEAMIQGERMETGLPEAMIQLIQSFLSEEDAARTTLISKSWYNAWQTRPVLVLRNVDWRTSDTEFSKFALKAMRRYQDSNLRIESLRLKFPGYRMSFEPLAHRLIVDAMKMGATDLKIEFFSFVLPPEVLLSETLLRLSVFGCEIDGSVKCSMLKSLSLDRVVLKSDDMLRIITSCCNSIEELSLSNFYFSKPRIILSGKNMHELHKLKRLYLKMLDF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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