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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000432

染色体: Chr07 坐标: 3024968-3026335 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000432
名称SmilChr07G000432
描述uncharacterized SmilChr07G000432
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3024968 - 3026335 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993046
GeneID130993046
locus_tag-
NCBI NameLOC130993046
原始查询SmilChr07G000432

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821150]; symbol=AT3G03040; hit=AT3G03040; species=arabidopsis; confidence=low
产物F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821150]; symbol=AT3G03040; hit=AT3G03040; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G03040 (AT3G03040)
F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821150]
identity=32.2; qcov=0.396; evalue=8.61e-09; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993046

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773749.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773749.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773749.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773749.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057773749.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3025375 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,B62,B80
Chr7:3025415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr7:3025499 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B130,B84,B94,C45
Chr7:3025572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B68,B78,C1
Chr7:3025618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C10,C14
Chr7:3025655 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr7:3025774 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C49
Chr7:3025814 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B68,B78,C1
Chr7:3025815 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 3 A13,B17,C56
Chr7:3025815 A AG 1bp_insertion CDS_variant 3 A13,B17,C56
Chr7:3025936 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr7:3025944 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917766.1
ATGGAGAATCCACTTCTTCTTGGAGACACCATTGAGCGCATCCAATCTTTTCTAAATGGAAAAGAAGCTGCTCGAACCACCATCCTCTCCAAGTCGTGGTACAGCGCGTGGTCCACGCGCCCCAACCTCGATTTCGATCAACGCCACTTTCGATTTCGGAGTGCAGATCAGTTTCTGGAATTCCCGAAGACAGCTCTGCAGAGATACGAAGATCTCAACCTAAAGATCCACAGTTTCAGGCTGCTGATGGTGGAGAGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993046
ATGGAGAATCCACTTCTTCTTGGAGACACCATTGAGCGCATCCAATCTTTTCTAAATGGAAAAGAAGCTGCTCGAACCACCATCCTCTCCAAGTCGTGGTACAGCGCGTGGTCCACGCGCCCCAACCTCGATTTCGATCAACGCCACTTTCGATTTCGGAGTGCAGATCAGTTTCTGGAATTCCCGAAGACAGCTCTGCAGAGATACGAAGATCTCAACCTAAAGATCCACAGTTTCAGGCTGCTGATGGTGGAGAGCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773749.1
MENPLLLGDTIERIQSFLNGKEAARTTILSKSWYSAWSTRPNLDFDQRHFRFRSADQFLEFPKTALQRYEDLNLKIHSFRLLMVESHRDASLAKELVAKAVKLGAVDLDFTSWNPSFVLPEELLRSEALAALSLAGTFEIDLALLNCSKLKSLTLSVTAKCDLVRDLIWRFPSLERLKFDGHYSLCDAEGRRSHPFFDDRLNRLEIQLEFGFRSLRLEFDKLDYEFQKLEYMYLGHLLVDGNLFSHASVFSKFPSLKELV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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