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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000433

染色体: Chr07 坐标: 3028622-3030397 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000433
名称SmilChr07G000433
描述peroxidase 24-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3028622 - 3030397 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991627
GeneID130991627
locus_tag-
NCBI NameLOC130991627
原始查询SmilChr07G000433

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述peroxidase 24-like
产物peroxidase 24-like
ArabidopsisAT2G39040 (AT2G39040)
Peroxidase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818490]
identity=59.5; qcov=0.907; evalue=1.33e-127; confidence=high
RiceOs06g0681600 (prx89)
-
identity=52.8; qcov=0.916; evalue=7.48e-104; confidence=high
GOGO:0004601 (peroxidase activity); GO:0006979 (response to oxidative stress); GO:0009505 (plant-type cell wall); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0020037 (heme binding); GO:0042744 (hydrogen peroxide catabolic process)
KEGGsmil00940 (Phenylpropanoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00141 (peroxidase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991627

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057771921.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057771921.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057771921.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771921.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771921.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3028863 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B51,B82,C10,C14
Chr7:3028867 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B27,B45,B49
Chr7:3028936 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,C12
Chr7:3028986 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B27,B45,B49
Chr7:3029027 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,C4
Chr7:3029098 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B114,B17,C56,D11
Chr7:3029100 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr7:3029108 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,B134,B85
Chr7:3029157 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr7:3029158 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B64,B99,C87
Chr7:3029468 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C56
Chr7:3029468 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771921.1
335 aa
N
1
168
335
peroxidase
C
PF00141 peroxidase 54-298 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771921.1 Pfam PF00141 peroxidase Domain 54 298 1.7e-78 264.4 Peroxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915938.1
TCTTGATCTTCTATTATTCTTGCCTATAAAAGGAAACCACCCTACAACCTTAGTTTCATATCTCAAACATTACCAATTCACATCAATACTAGGTTTTGTAACTTGTAAAAAACATTGCCCTTTCGCTACTCTTTCTTGCCTCTTTCATGATGAAAATAAGATATTTCTTAAGTATTACTCTTCTCTTAGTGTTCATTGCAGCGGCGGCCGCTGCCAAAAAGAGTAAGCCGCCGGTCAAGCCGGTCAGTCTGATACCAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991627
ATGATGAAAATAAGATATTTCTTAAGTATTACTCTTCTCTTAGTGTTCATTGCAGCGGCGGCCGCTGCCAAAAAGAGTAAGCCGCCGGTCAAGCCGGTCAGTCTGATACCAAACTTTTATAAAGTTACTCGTTCTTGTCCACAAGCCGAGAAACTTGTGAAAAAACTTACAGAAGAGAAAGTACAGAAAGATTGGACTTTGAGTGCTAAGCTTCTGCGCGTACATTACCACGATTGTTTCGTGAGGGGTTGTGATGCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771921.1
MMKIRYFLSITLLLVFIAAAAAAKKSKPPVKPVSLIPNFYKVTRSCPQAEKLVKKLTEEKVQKDWTLSAKLLRVHYHDCFVRGCDASILLNTVGANQSEKDARPNLSLGGFEVIDEIKIQIEKICPQKVSCADILALAARDAVSFPFKKPLWDVLTGRRDGRVSLISDVNGNLPSPFSDFATLQGLFSKKNLDINDLVALSGAHTIGVSHCGAFSRRLFNFTGKGDADPSLDPAYADFLRRQCPNPANPATVVGMDPNST...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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