Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000435`

染色体: Chr07 坐标: 3052995-3053279 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000435`
名称	SmilChr07G000435
描述	glycine-rich protein HC1-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	3052995 - 3053279 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993047`
GeneID	`130993047`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993047`
原始查询	`SmilChr07G000435`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glycine-rich protein HC1-like
产物	glycine-rich protein HC1-like
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993047

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057773750.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773750.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773750.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773750.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057773750.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:3053087`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B3,B76,B94
`Chr7:3053102`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	21	A10,A19,A6,A8,B103,B11,B110,B140,B16,B23,B26,B3,B37,B38,B54,B61,B7,B76,B94,C39,C67
`Chr7:3053103`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	27	A15,A25,B1,B130,B132,B31,B35,B40,B42,B43,B49,B5,B65,B84,B87,C15,C2,C26,C30,C38,C44,C45,C47,C48,C78,C85,D10
`Chr7:3053175`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	A15,A6,A7,A8,B121,B126,B136,B16,B51,C54
`Chr7:3053211`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	97	A1,A16,A18,A19,A20,A23,A3,A4,A5,A9,B102,B103,B104,B105,B107,B108,B109,B112,B114,B115,B117,B118,B120,B125,B13,B132,B138,B139,B140,B20,B21,B23,B24,B28,B29,B35,B36,B37,B38,B39,B41,B42,B44,B47,B48,B51,B53,B55,B56,B58,B67,B70,B72,B77,B78,B79,B8,B83,B90,B91,B92,B93,B94,B96,C10,C11,C14,C19,C21,C26,C27,C30,C31,C33,C38,C39,C41,C46,C5,C52,C53,C59,C60,C61,C65,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C8,C80,D11,D2,D6,D9
`Chr7:3053217`	`T`	`TCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	15	A2,B10,B123,B129,B134,B4,B63,B85,B99,C28,C3,C50,C55,C83,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917767.1
ATGGCGATGGCGATGGCGGTGGCGGGGGTGGCGGTGGCGGTGATGGCTCGTAGGAAAATAAAAAAAAAGCTAAAGCGTGCTCGGGCAAGGATACAAAAAGATGATGGCGATGGCGGTGGCGGTGGTGGCGGTGACGGAGATAATATACCTGGAGATGGCAACGACGATGGTGGATACGGTGATCATGGTGGCGATAACGGCGGAGGTGGAGGGCATCATCACGGCGGAGGGCATCATCACGGCGGTGGAGGGCATCATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993047
ATGGCGATGGCGATGGCGGTGGCGGGGGTGGCGGTGGCGGTGATGGCTCGTAGGAAAATAAAAAAAAAGCTAAAGCGTGCTCGGGCAAGGATACAAAAAGATGATGGCGATGGCGGTGGCGGTGGTGGCGGTGACGGAGATAATATACCTGGAGATGGCAACGACGATGGTGGATACGGTGATCATGGTGGCGATAACGGCGGAGGTGGAGGGCATCATCACGGCGGAGGGCATCATCACGGCGGTGGAGGGCATCATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773750.1
MAMAMAVAGVAVAVMARRKIKKKLKRARARIQKDDGDGGGGGGGDGDNIPGDGNDDGGYGDHGGDNGGGGGHHHGGGHHHGGGGHHHGGGHLLE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器