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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000436

染色体: Chr07 坐标: 3055954-3056403 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000436
名称SmilChr07G000436
描述cold and drought-regulated protein CORA-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3055954 - 3056403 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993048
GeneID130993048
locus_tag-
NCBI NameLOC130993048
原始查询SmilChr07G000436

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述cold and drought-regulated protein CORA-like
产物cold and drought-regulated protein CORA-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993048

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057773751.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773751.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773751.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773751.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773751.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3056004 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B6,B97,C67,C9,D1
Chr7:3056188 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B33,B35,C38
Chr7:3056212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B127,B13,B66,B98,C45
Chr7:3056257 A ACC 2bp_insertion frameshift_variant 21 B123,B137,B139,B29,B35,B56,B77,B96,C10,C14,C21,C26,C37,C39,C49,C52,C60,C63,C64,C72,C80
Chr7:3056259 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 22 B123,B137,B139,B29,B35,B56,B77,B96,C10,C14,C21,C26,C35,C37,C39,C49,C52,C60,C63,C64,C72,C80
Chr7:3056280 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 6 C21,C35,C37,C49,C63,C72
Chr7:3056304 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 89 A10,A13,A15,A18,A21,A25,A4,A6,A7,B101,B102,B104,B11,B111,B114,B117,B119,B120,B123,B126,B130,B131,B140,B17,B23,B3,B31,B34,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B46,B48,B5,B50,B53,B58,B6,B61,B62,B64,B65,B7,B73,B75,B76,B8,B83,B84,B89,B94,B97,C10,C18,C2,C27,C29,C3,C30,C31,C33,C34,C40,C41,C45,C46,C47,C48,C52,C57,C60,C62,C63,C67,C75,C78,C8,C82,C84,C85,C9,D11,D2,D7
Chr7:3056307 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 18 B118,B123,B137,B139,B29,B35,B36,B56,B77,B96,C10,C14,C26,C39,C52,C60,C64,C80
Chr7:3056374 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 8 B102,B111,B17,B6,C18,C7,C76,C84
Chr7:3056378 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 8 B102,B111,B17,B6,C18,C7,C76,C84
Chr7:3056380 GTC G 2bp_deletion frameshift_variant 8 B102,B111,B17,B6,C18,C7,C76,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917768.1
ATGGCATTTGATCATTTAACTGACGCGGGTTTGAAAATTAAGGCCGTCGCCGTCCGGCTAAAGCGTGCTTGGACAAAGAGACGAAAAGATCGAGGCGATGGTGGTGACGGTGGCGGTGGAGAAGATGGAGGTGGAGGTGCAGATATTGATGGCAACAGCGGAGGGGGATTAGAAGCCGGTGGTCATGGTGACCACAACGGCGGAGGACATCACGACGGTGGCGGGTATCACGGCGGCGGAGGGTATCATCACGGCGGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993048
ATGGCATTTGATCATTTAACTGACGCGGGTTTGAAAATTAAGGCCGTCGCCGTCCGGCTAAAGCGTGCTTGGACAAAGAGACGAAAAGATCGAGGCGATGGTGGTGACGGTGGCGGTGGAGAAGATGGAGGTGGAGGTGCAGATATTGATGGCAACAGCGGAGGGGGATTAGAAGCCGGTGGTCATGGTGACCACAACGGCGGAGGACATCACGACGGTGGCGGGTATCACGGCGGCGGAGGGTATCATCACGGCGGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773751.1
MAFDHLTDAGLKIKAVAVRLKRAWTKRRKDRGDGGDGGGGEDGGGGADIDGNSGGGLEAGGHGDHNGGGHHDGGGYHGGGGYHHGGDHGGGGHHHGGGGHHHGGDHGGGGHHHGGDHGGGGHHHGGDHGGGGGHYGGDGGGGGGGGFAF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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