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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000439

染色体: Chr07 坐标: 3065202-3068036 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000439
名称SmilChr07G000439
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g36980, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3065202 - 3068036 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991629
GeneID130991629
locus_tag-
NCBI NameLOC130991629
原始查询SmilChr07G000439

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g36980, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g36980%2C mitochondrial
ArabidopsisAT2G36980 (AT2G36980)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818272]
identity=49.8; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0520300 (P0669G04.8)
-
identity=40.8; qcov=0.989; evalue=5.62e-139; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991629

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057771924.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771924.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771924.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771924.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771924.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3065880 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B33,C40,C61,D8
Chr7:3066007 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C1
Chr7:3066009 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B13,B55
Chr7:3066539 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr7:3066574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr7:3066653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C83
Chr7:3066707 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B68,C2,C34,C74
Chr7:3066721 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B33,C40,C61,D8
Chr7:3066758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B127,B13,B66,B98,C45
Chr7:3066759 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr7:3066866 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A11
Chr7:3066866 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 A11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771924.1
625 aa
N
1
312
625
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
E_motif
C
PF13041 PPR_2 35-82 aa PF01535 PPR 38-67 aa PF01535 PPR 110-133 aa PF01535 PPR 138-164 aa PF13041 PPR_2 168-213 aa PF13812 PPR_3 168-215 aa PF01535 PPR 169-199 aa PF01535 PPR 270-299 aa PF13041 PPR_2 299-346 aa PF01535 PPR 301-331 aa PF13041 PPR_2 400-443 aa PF01535 PPR 402-431 aa PF20431 E_motif 525-578 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771924.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 35 82 2e-56 188.6 PPR repeat family
XP_057771924.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 38 67 2.4e-49 162.9 PPR repeat
XP_057771924.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 110 133 2.4e-49 162.9 PPR repeat
XP_057771924.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 138 164 2.4e-49 162.9 PPR repeat
XP_057771924.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 168 213 2e-56 188.6 PPR repeat family
XP_057771924.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 168 215 5.5e-19 68.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057771924.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 169 199 2.4e-49 162.9 PPR repeat
XP_057771924.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 270 299 2.4e-49 162.9 PPR repeat
XP_057771924.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 299 346 2e-56 188.6 PPR repeat family
XP_057771924.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 301 331 2.4e-49 162.9 PPR repeat
XP_057771924.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 400 443 2e-56 188.6 PPR repeat family
XP_057771924.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 402 431 2.4e-49 162.9 PPR repeat
XP_057771924.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 525 578 4.4e-17 62.8 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915941.1
AATTCGTTATGCGCGAATTGCGATACAGAGGGATTAGAATTTGAGTGTTGGAAATGTCGAATAATTCTTCTTTTCTTGTTTTTTTGTGGGCAGAGAATAATTCTTCTTTTTCAAAATAAAAATAAAAATTAAGAATAGTTCTTCAGAAATTATTACAAAACAAATCACTAGTTCATGTCCGATTAATGCCTTTCAGTAAATATTAATTTCTGAATAAAATAACATCTGTTTCAGACTTTCAGTAATGAATTTCGATAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991629
ATGCGTTCACACCTGGTGCAGATCACTTCCAAGATTACAGCCTTCGCAAAATCAGGCAGCATATCGCTTGCTCGCAAACTGTTCGACGAATTGCCCCACAGAGACACCATCGCATGGAACGCAATGGTGAGCGGATATTTGCATCTGTCCCTCTATCAAGAAGCTCGATCGTTGTTTAATCTCATGAGATCGAACAACGTCAAGCCCGATCACTTCACGTGCACTGCGGCATTGAGCACGTGCGCTGCGTTGAAAGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771924.1
MRSHLVQITSKITAFAKSGSISLARKLFDELPHRDTIAWNAMVSGYLHLSLYQEARSLFNLMRSNNVKPDHFTCTAALSTCAALKDDKSGQMLHALAVVSGCNLFMPVNNALIDMYGKCLRAQEANAVFSEMGCRNEVSWCSLLFAYTNAGLLDVSCRVFYDMPVKVVVAWNTIIAGYAKWGEVEWCLWVFKKMLEESCSPDQWTLSAVMNACGETSEPCYVRMLHCFVIKSGWSSAVEVNNSALSFYANFGEKHEVLEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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